Indirekte kostnader (overhead) er kostnader som påløper i forbindelse med prosjektet, men som ikke kan tilskrives direkte til prosjektet, f.eks. husleie, strømutgifter, generelle administrasjonskostnader, generelle driftskostnader osv.

Indirekte kostnader dekkes av en flat sats på 25 %, beregnet på grunnlag av alle godkjente direktekostnader (dvs. lønn, reise, consumables osv.). Det gjelder for alle aktører unntatt underleverandører og tredjeparter (affiliated entities) i alle prosjekttyper (unntatt MSCA). Kostnader for underleveranser og tredjeparter som tilbyr ressurser som ikke brukes i mottakers (beneficiary’s) lokaler må ikke inkluderes ved beregning av indirekte kostnader.