Masteroppgaver hos Laboratoriet for Mikrobiell Genteknologi (LMG)

Bakteriosiner er meget mangfoldige i naturen; de finnes i ulike kjemiske sammensetninger, struktur og funksjon, og man finner dem overalt, dvs. hvor man finner bakterier finner man også bakteriosiner. Det er utrolig mye interessant man kan forske på disse molekylene, fra de grunnleggende til de anvendte. De grunnleggende inkluderer hvordan de blir laget, hvilke gener som står for biosyntesen, hvordan genene blir regulert, hvordan de gjenkjenner målceller (gjenkjennelsesmekanisme), hvordan de dreper målceller (virkningsmekanisme), og relasjon mellom struktur-og-funksjon i et bakteriosin. De anvendte er for eksempel å utvikle disse til verktøy for å bekjempe mot infeksjoner, antibiotika-resistens, biofilmdannelse, eller til naturlige konserveringsmidler i mat. 

Les mer om "Informasjon om valg av masteroppgaver ved KBM" i Canvas-rommet for studieprogrammet ditt.

• Oversikt over tilgjengelige interne oppgaver: Klikk her
• App for prioritering av interne oppgaver: Klikk her

Under finner du noen temaer for mulige mastergradsoppgaver hos oss.

Kontaktperson:

Se kontaktinformasjon for alle medlemmer i LMG

Tema bacteriosin skreening 

Det er mange bakterier som gjør oss syke, enten ved å infisere oss direkte eller via kontaminert mat.  Mange av dem er blitt antibiotika-resistente, og behandlingen av noen vanlige infeksjoner med antibiotika har derfor blitt dårlig eller ikke fungert i det hele tatt. Det er et stort og globalt behov for nye antimikrobielle forbindelser og strategier for å bekjempe mot antibiotika-resistens. I dette området kan bakteriosiner være et meget viktig verktøy siden de har vist seg å være effektive mot antibiotika-resistente bakterier. Aktuelle MS oppgaver er å skreene for nye bakteriosiner som er aktive mot relevant patogener og deretter rense og karakterisere dem biokjemisk og genetisk. 

Tema funksjonell genetikk 

Vi har mange bakteriosin-produsenter som er isolert og genomsekvensert. Disse inneholder grupper av kjente og ukjente biosyntetiske gener. Vi ønsker å funksjonelt karakterisere dem. Dvs, å klone biosyntetiske gener for å studere deres funksjon i blant annet transport, immunitet, gen-regulering, modifisering etc. 

Tema virkningsmekanisme 

De fleste bakteriosiner er smalt spekteret, dvs. hvert gjenkjenner og dreper en definert gruppe av målceller. Dette egenskapet kan være meget nyttig i noen sammenheng, for eksempel å fjerne en uønsket bakterie/patogen fra et miljø uten å negativt påvirke de nyttige bakterier som lever i samme miljø.  Hva som står bak denne spesifikke gjenkjennelse er ukjent for de fleste bakteriosiner. Ønsker du løse dette mysteriet sammen med oss så er du velkommen. 

Tema bakteriosin struktur 

Er du interessert i struktur og funksjon og bor i Oslo eller på Ås? I samarbeid med en gruppe fra UiO studerer vi strukturen til ulike bakteriosiner og ser på sammenheng mellom struktur og funksjon. Vi bruker ulike teknologier blant annet CD og NMR. 

Tema antibiofilm 

Mange patogener danner biofilm for å etablere infeksjon og/eller for å beskytte seg mot ytre angrep, for eksempel antimikrobielle responser fra vårt immunforsvar eller antibiotika. Dette er et stort problem i infeksjonsbehandling. Bakteriosiner er små og amfifiliske molekyler som gjør at de blir relativt løselige både i vandig og hydrofobt miljø og dermed kan lett trenge seg inni biofilm. Bacteriosiner kan derfor være meget nyttige som et antibiofilm-middel. Vi har etablert biofilm-assayer og studert antibiofilm-egenskap hos noen bakteriosiner. Vi har flere bakteriosiner og flere biofilm-dannende patogener som vi ønsker å studere nærmere på. Vil du være med? 

Tema bakteriosin i terapi 

På KBM har vi en musefasilitet som vi har brukt til å studere terapeutisk potensiale til bakteriosiner. Det er både til systemisk og overflate infeksjon. Vi bruker luciferase-merkede patogener og in vivo imaging teknologi for å kunne følge utviklingen av infeksjon under behandling med bakteriosiner. Det er et meget spennende og viktig forskningsområde som er relevant for både human- og dyremedisin. 

Tema stress respons og antibiotika-resistens 

Mange patogene bakterier utvikler resistens mot en rekke antibiotika via stress respons. Bakterier har ulike typer stress respons og disse mekanismene er regulert slik at cellens fysiologi og morfologi forandrer seg når cellen er utsatt for stress. Disse forandringene gjør at bakterier blir motstand-dyktige mot ytre angrep som antibiotika. Vi ønsker å studere hvordan stress signaler registreres på molekylært nivå, og hvordan og hvilke responser, i form av genuttrykk og fysiologiske og morfologiske forandringer, settes i gang for at bakterier blir resistente. Dette forskningsområdet er viktig for å kunne forstå hvordan patogene blir resistente, og kunnskapen fra dette er meget nyttig å ha med for å unngå resistensutvikling når en skal planlegge behandling mot infeksjoner. 

Melkesyrebakterier og propionsyrebakterier har viktige funksjoner i matproduksjon.

De har blitt brukt i hundrevis av år, men fortsatt har man ikke full kontroll i fermenteringene, kvaliteten blir ikke som forventet. Bakteriofager spiller en viktig rolle her.  Med DNA sekvensering har vi funnet fram til nye metoder å studere bakteriofagutvikling og trolig nye metoder for å avdekke bakteriofagene funksjon i fermentering. Oppgaven vil omfatte mikrobiologisk lab-arbeid med bakteriofaganalyser, analyser av ost og DNA sekvensering. Vi har oppdaget nye egenskaper ved melkesyrebakterier og propionsyrebakterier, egenskaper kan ha stor betydning blant annet i å bekjempe store folkesykdommer. Vi ønsker å beskrive og kartlegge slike bioaktive komponenter bedre. Dette er et pågående arbeid samarbeid med leger og andre eksterne forskningsmiljøer. Arbeidet vil omfatte mikrobiologisk laboratoriearbeid og kjemiske analyser. 

Anbefalte emner dersom du skal velge masteroppgave hos LMG - Laboratoriet for Mikrobiell Genteknologi: 

Sterkt anbefalte:  

BIO332 – Eksperimentell molekylær mikrobiologi (10 sp) 

MVI322 – Patogene mikroorganismer (10 sp) 

Oppgave-avhengig: 

KJB310 – Proteinkjemi (10 sp) 

KJB320 – Proteomikk I (5 sp)  

KJM310 – Kromatgrafi (10 sp) 

KJM313 – Massespektrometri (10 sp) 

BIO322 – Molekylær genomanalyse (10 sp.) 

BIO233 - Eksperimentell miljømikrobiologi (10 sp)

BIO330 – Mikrobiell økologi og fysiologi (10 sp) 

MVI392 – Fordøyelsessytemets anatomi og fysiologi (5 sp)  

BIN310 – Utvalgte emner i mikrobiell genomikk (10 sp)