ForskningGrupper

science-illustration
science-illustrationFoto: Shutterstock

MS/Proteomics er én av NMBUs kjernefasiliteter innen forskningsinfrastruktur. Vi tilbyr analyser innen proteomikk- og karbohydratforskning. 

MS/Proteomics hører til under NMBUs fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap. Vi holder til i Christian Magnus Falsens vei 1, 1433 Ås.

Vi kan hjelpe deg med: 

  • Databasesøk og dataanalyse 
  • Tilgang til diverse utstyr til prøveopparbeidelse 
  • Bruk av massespektrometre

  • Booking og priser

    Det kreves et minimum av opplæring eller relevant erfaring for å kunne benytte laboratoriets instrumenter på egen hånd. Godkjent deltakelse på KJB320/KJB420 eller tilsvarende kurs (f.eks. ved UiO eller UiB) anses som tilfredsstillende opplæring, og for brukere som kan dokumentere analysebehov med tilstrekkelig volum og/eller varighet kan det gis en ad hoc opplæring som gir adgang til selvstendig bruk av instrumentene.

    Reservering

    • For NMBU-ansatte kan instrumenttid for ultrafleXtreme, samt tid på analyse-computer ("Super-PC") reserveres for tiden via Outlook.
    • For databasesøk på vår interne Mascot-server behøves ingen reservering, men bruk krever installasjon av Windows-klient (Mascot Daemon), og registrering hos driftsansvarlig.
    • LC-MS/MS-utstyret kan kun reserveres via avtale med driftsansvarlig.

    Priser (NOK, gjeldende fra 01.04.2019)

    EnhetKBMAnnen akademisk*Kommersielle*
    Instrumenttid, ultrafleXtreme195235385
    Instrumenttid, QExactive/nanoLC385460770
    Div. teknisk hjelp220265880
    SDS-PAGE440530880
    Trypsinbehandling/opprensing330400660
    Protein ID, MALDI-TOF/TOF (enkeltprotein)440530880
    MW-bestemmelse, MALDI-TOF/TOF130160260
    Protein ID, LC-MS/MS
    50 min gradient5506601100
    70 min gradient6607901320
    90 min gradient7208601440
    120 min gradient8109701620

     * For eksternt fakturerte tjenester kommer 25 % MVA i tillegg

    NB. For større analyseserier/prosjekter vil det kunne gis opp til 50 % rabatt, avhengig av prosjektets omfang. Eventuelle rabattordninger avtales alltid på forhånd med driftsansvarlig.

  • Brukervilkår

    Instrumentene ved MS/proteomics-kjernefasiliteten på Campus Ås brukes til å utføre analyser for både interne og eksterne brukere. I tillegg er instrumentene tilgjengelige for kvalifiserte brukere som ønsker å gjøre sine analyser selv.

    Tjenester

    Kjernefasiliteten tilbyr et utvalg av tjenester til stykk- eller timepris. I utgangspunktet gjelder "først til mølla"-prinsippet for utføring av tjenester, dvs at prøver vil bli analysert i samme rekkefølge som de blir mottatt. Dersom hensyn til effektiv bruk av ressursene tilsier det har imidlertid driftsansvarlig anledning til å gjøre unntak fra denne regelen.

    Instrumentleie/selvstendig bruk av instrumentene

    Det kreves et minimum av opplæring eller relevant erfaring for å kunne benytte laboratoriets instrumenter på egen hånd. Godkjent deltakelse på KJB320/KJB420 eller tilsvarende kurs (f.eks. ved UiO eller UiB) anses som tilfredsstillende opplæring, og for brukere som kan dokumentere analysebehov med tilstrekkelig volum og/eller varighet kan det gis en ad hoc opplæring som gir adgang til selvstendig bruk av instrumentene.

    Prioritering av brukere

    I utgangspunktet reserverer brukerne selv tid på instrumenter og computer-ressurser, og for NMBU-brukere gjøres denne reserveringen via Outlook. Dette gjelder ikke LC-MS/MS-utstyret; her må analyser avtales med driftsansvarlig for hver prøveserie. For å unngå unødvendig dødtid, er det viktig at man ikke reserverer mer tid enn nødvendig, og at man gir beskjed til driftsansvarlig umiddelbart dersom den reserverte tiden ikke vil bli brukt.
    Dersom det oppstår behov for prioritering av brukere gjøres dette av driftsansvarlig, i henhold til gjeldende avtale mellom KBM og Nofima Mat.

    Publisering av resultater

    Det forventes at driftsansvarlig/operatør blir medforfatter på artikler der hvor det er naturlig og i tråd med Vancouver-reglene.

    Reklamasjon

    Utførte tjenester/instrumentleie vil bli faktureret uavhengig av resultat, med mindre det kan dokumenteres at mangel på resultatet skyldes instrumentfeil eller feil gjort av operatøren.

  • Kontaktperson
  • Ustyr og ressurser
    • Databasesøk/dataanalyse

      Kjernefasiliteten abonnerer på et utvalg av programvarelisenser for databasesøk og nedstrøms analyse av proteomikkdata. Disse lisensene er installert på dedikerte servere eller arbeidsstasjoner som er tilgjengelige for NMBU-brukere via egne Windows-klienter eller remote desktop app.

      Databasesøk

      • Mascot
      • Andromeda

      Dataanalyse

      • Scaffold
      • MaxQuant/Perseus
      • Peaks Studio X
      • FlexAnalysis
      • Biotools
    • Diverse utstyr til prøveopparbeidelse

      Kjernefasiliteten eier eller har tilgang til utstyr for for å kunne preparere MS-klare prøver fra et vidt spekter av biologisk materiale. De av våre brukere som ikke selv har tilgang til slikt utstyr vil få tilgang til vårt så langt kapasiteten rekker, og etter avtale med driftsansvarlig. 

      Kjernefasiliteten eier (bl.a.):

      • Sentrifuger/rotorer
        • Eppendorf 5430R/FA-45-24-11-Kit, S-24-11-AT, FA-45-30-11
        • Eppendorf 5425/FA-18x2-Kit, FA-24x2
        • Eppendorf 5415/F-45-24-11(?)
        • Eppendorf Concentrator plus ("Speedvac")/F-45-48-11
      • Spektrofotometer
        • Thermo Scientific Nanodrop One
      • Off-line kapillær/nano HPLC med mikro-FC*
        • Agilent 1100
      • SDS-PAGE
        • Invitrogen XCell-SureLock (minigel)
        • Biorad mini-PROTEAN (minigel)
      • Sonikeringsbad
        • VWR USC200T(?)

      Vi har dessuten (eller kan formidle) tilgang til (bl.a.):

      • Bead beater/celleknuser
        • MPBio FastPrep-24
        • MPBio FastPrep-96
    • Thermo Scientific Q Exactive Hybrid Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer

      I dette instrumentet kombineres effektiv foreldreion-seleksjon i en kvadrupol med deteksjon i en Orbitrap, hvilket produserer MS-data med svært høy oppløsning og massenøyaktighet.

      Vår QExactive er satt opp for proteomics-analyser, og opereres i all hovedsak med en nano-ES ionekilde og en oppstrøms nanoRSLC UHPLC for revers fase-separasjon av peptider.

      Dette instrumentet brukes primært til analyse av tildels svært komplekse peptidblandinger, og produserer rutinemessig data som i kombinasjon med databasesøk og påfølgende data-analyse tillater identifisering og kvantifisering av proteiner fra et vidt spekter av prøvetyper.

      Det henvises til produsentens nettsider for fullstendige instrumentspesifikasjoner.

    • Bruker Daltonics UltrafleXtreme MALDI-TOF/TOF massespektrometer

      High-end MALDI-TOF/TOF fra Bruker Daltonics, installert og i drift fra oktober 2016.  Vår UltrafleXtreme genererer daglig MS-data av høy kvalitet, for et stort antall brukere.

      Nøkkelegenskaper er høy oppløsning og massenøyaktighet, god sensitivitet, og et vidt anvendelsesområde hva gjelder kategorier av biologiske/biokjemiske prøver. Instrumentet er robust, enkelt å bruke, og de fleste vil kunne ta det i bruk etter en minimal opplæring på stedet.

      Dette instrumentet er et nøkkelinstrument i kjernefasiliteten, og er i bruk daglig. Instrumentet brukes for tiden mest til analyse av karbohydrater, men er også et utmerket verktøy for identifisering av proteiner i prøver med lav eller middels kompleksitet. Vår ultrafleXtreme blir dessuten hyppig brukt for analyse (MW-bestemmelese) av naturlig forekommende peptider og intakte proteiner.

      Det henvises til produsentens nettsider for fullstendige instrumentspesifikasjoner.