KJB420 Proteomikk II

Studiepoeng:10

Ansvarlig fakultet:Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap

Emneansvarlig:Morten Skaugen

Campus / nettbasert:Undervises campus Ås

Undervisningens språk:Engelsk, norsk

Antall plasser:12 (KJB320 + KJB420)

Frekvens:Emnet gis oddetallsår.

Forventet arbeidsmengde:Forelesning:16 t. Labarbeid: 22 t. Presentasjon: 6 t. Spesialoppgave: 40 t. Selvstudium 166 t.

Undervisnings- og vurderingsperiode:Emnet starter i januarblokka. Emnet har undervisning i januarblokka + undervisning/vurdering i vårparallellen.

Om dette emnet

Prøvepreparering, MS- og LC-MS-analyser av proteiner, identifisering og kvantifisering av proteiner. Det presiseres at emnet krever evne og vilje til å arbeide selvstendig og nøyaktig med avansert biokjemisk metodikk.

Den praktiske delen av kurset tar for seg moderne teknikker for prøveopparbeidelse, datainnsamling og -analyse, og det biologiske materialet som benyttes er hentet fra aktuelle problemstillinger innen medisin og bioremediering/energiproduksjon (FNs bærekraftsmål 3, 7, og 12).

Studentene skal presentere en vitenskaplig artikkel på et seminar. Om nødvendig må denne presentasjonen gis på engelsk.

Dette lærer du

Kunnskaper:

Studentene skal ha tilegnet seg en god forståelse av begrepet proteomikk som integrert del av en omics-tilnærming til biologisk/biokjemisk analyse av organismer, og som forskjellig fra klassisk proteinanalyse. Dessuten skal studentene ha tilegnet seg kunnskap om betydning av prøveopparbeidelse, en grunnleggende forståelse av moderne massespektrometrisk analyse av komplekse proteinprøver, samt kunnskap om dataanalyse og tolking av proteomikkdata.

Ferdigheter:

Studentene skal ha tilegnet seg grunnleggende praktiske ferdigheter i laboratoriet, både når det gjelder prøveopparbeiding og massespektrometrisk analyse av prøver fra ulike organismer/celletyper. De skal dessuten kunne bruke et utvalg av dataanalyseverktøy for å konvertere rådata til nyttig biologisk/biokjemisk informasjon. Studenten kan selv gjennomføre de forberedelser, teknikker og analyser som inngår i emnet. Studenten behersker instrumentene og utstyret som benyttes i emnet.

Generell kompetanse:

Studentene skal ha tilegnet seg en forståelse av fagdisiplinen proteomikk som gjør dem i stand til å bruke denne analyseplattformen i eget arbeid.

  • Forelesninger. Laboratorieøvelser med labrapport. Skriving av en oppgave. Muntlig presentasjon av artikkel eller emne.
  • Kontakt med lærere under forelesningene og labøvelsene.

    E-post: morten.skaugen@nmbu.no

    Canvas.

  • Kompendium, forelesningsnotater, laboratorienotater.
    • Biokjemi tilsvarende KJB201.
    • Fullført mastergrad i kjemi, bioteknologi eller tilsvarende
  • Mappevurdering bestående av laboratorierapport, muntlig presentasjon og dataanalyseoppgave.
    • Ekstern sensor godkjenner kursopplegget og laboratorierapport.
    • Intern sensur av muntlige presentasjoner og dataanalyseoppgaven.
  • Deltakelse på øvinger i januarblokk og vårparallell. Godkjent labrapport, dataanalyserapport og presentasjon av emne eller artikkel.
  • Obligatorisk oppmøte på emnets ulike undervisningsaktiviteter.

    Undervises kun oddetallsår.

  • Januarblokk: Intensivt i tre uker, med 16 timer forelesning og 22 timers labarbeid + en presentasjon (6 t).

    Vårparallell: Spesialøvelser + skriving av en journal/rapport: 60 t.

  • Kurset er reservert for PhD-studenter.
  • KJB420 er en utvidet versjon av KJB320. Studenter med KJB320 fra før, får 5 sp for KJB420.
  • Bestått/ Ikke bestått
  • Realfag