MA - PEP - Protein Engineering and Proteomics Group

PEP-gruppa er en stor, robust, internasjonal gruppe med høy faglig kompetanse og trivelig miljø. Vi forsker på alt om enzymer, fra grunnleggende studier til anvendelser, bioraffinering og mikrobiologi.

Vår grunnleggende forskning kombineres med anvendt forskning; vi jobber ofte sammen med industrien.

Eksempler på masteroppgaver hos PEP-gruppa:


Hvordan bryter en bakterie ned et komplekst materiale?

Hvilke enzymer benytter den og når skilles de ut? Før i tiden kikket man på noe få enzymer av gangen. Nå har vi muligheten til å se på alle samtidig. Arbeidet vil inkludere mange protein relaterte teknikker, proteomikk, «state-of-the-art» massespektrometriog andre biokjemiske analysemetoder.

Visste du at bare ca 1 % av alle eksisterende bakterier kan kultiveres?

Med moderne metagenomikk kan vi få innsyn i komplette bakteriesamfunn, og vi har noen av landets fremste eksperter hos oss. Hva med også å klone noen av de mest spennende enzymene og karakterisere dem? Arbeidet vil inkludere bioinformatikk, diverse «-omics» teknologier, og proteinkjemiske metoder. Ta kontakt med Phil Pope eller Live H Hagen.

Vil du dykke dypt ned i enzymenes hemmeligheter?

Har du lyst til å prøve å finne ut hvordan disse enzymene fungerer? Vil du forbedre dem gjennom «enzymeengineering»? Arbeidet inkluderer mutagenese, avansert biokjemisk analyse og strukturbiologi, samt robotiserte analyse platformfor effektiv screening av mutantbiblioteker.

Hvor mye sukker klarer man å få ut av cellulose-rik biomasse ved hjelp av enzymer?

Hvilke enzymer er viktige? Hvordan kan vi fermentere sukkeret til nyttige produkter, f eks laksefôr? Kan vi bruke enzymer til å skape verdi ut av biprodukter fra fisk og kjøttproduksjon (avskjær, fjær, blod)? Vi kjører flere anvendte prosjekter innenfor disse tema sammen med Bioref-gruppen, og i tett samarbeid med relevant og engasjert industri (F eks. Borregaard, Norilia). Her blir det bioprosess-teknologi, enzymologi, og avanserte biokjemiske analyser. Interessert –da bør du også snakke med Svein Horn i Bioref-gruppen.

Hvorfor er noen bakterier bra for oss?

Hvordan interagerer disse bakterier med kroppen vår? Kan vi utnytte disse bakterier til å levere medisiner direkte i tarmen, f.eks en vaksine mot kreft eller tuberkulose? Dette er vår mest molekylære-og cellebiologiske prosjekt, ledet av Geir Mathiesen. Metodene som benyttes inkluderer PCR, kloning, celledyrkning, ELISA og mikroskopering.

Hvordan klarer noen bakterier å lure immunforsvaret?

Vi er på sporet av noen nye viktige enzymer som sykdomsbakterier bruker for å skape infeksjon i fisk og menneske. Vil du forske på dette, ta en prat med Gustav Vaaje-Kolstad. Oppgavene vil blant annet inneholde genkloning, protein uttrykk og rensing og karakterisering, studier av sykdomsbakterier og deres samspill med vertsproteiner og vertsceller.

 

 

PEP/BioRef group

PEP/BioRef group

Photo
Håkon Sparre

Published 12. januar 2021 - 10:47 - Updated 24. oktober 2021 - 19:02