Metoder

Innsamlingen av prøvemateriale (inkludert avføringsprøver) fra dyr og dyreeiere i HUNT4, ble avsluttet våren 2019. Etter prøveinnsamlingen har prosjektet arbeidet videre med å velge egnede protokoller for opparbeiding av prøvene, og med å tilrettelegge forskningsmaterialet til videre bruk. Omkring 3000 avføringsprøver fra hund, storfe, sau, hest og gris ble mottatt fra omkring 1700 dyreeiere. Av disse har 550 dyreeiere levert avføringsprøver av både seg selv og dyrene. Når det gjelder produksjonsdyr (storfe, gris og småfe) er det samlet inn totalt ca. 1000 prøver, ellers er det mange hundeprøver og noen fra hest.

Etter ekstraksjon av DNA fra prøvene er nå DNA-sekvenseringen i sin sluttfase. Det er gjort et større arbeid for å sikre at informasjon fra prøvematerialet kan gi gode data for forskning når sekvenseringen er gjennomført. Det har vært en utfordring blant annet å finne en god nok metode for å ta ut (ekstrahere) DNA fra prøvene som er lagret på frys på filtrerpapir. Det som nå gjenstår er selve ekstraksjonen av ca. 2500 prøver og sending til det firmaet som har fått kontrakten med sekvenseringen.

Det er store datamengder som genereres når alt DNA fra mikrobene i avføringen skal dekodes. Anslagsvis vil prosjektet i denne omgang generere ca. 2.5 (TB) med data, med ca. 10 GB pr. prøve. Etter planen skal hele materialet være sekvensert våren 2021 og materiale da være tilgjengelig for forskere.

Published 1. september 2020 - 12:54 - Updated 22. February 2021 - 14:10