Bakgrunn
De siste årene har transposable elementer (TE-er) vist seg å være nøkkelfaktorer som påvirker genomreguleringen.
En presserende utfordring nå er å forstå de biologiske konsekvensene av at TE-er omformer genomet: Hvor viktige er TE-er som kilder til adaptive innovasjoner, og hva er de langsiktige implikasjonene av TE-aktivitet i eukaryote evolusjon?
For å kunne svare på disse spørsmålene må vi (i) konstruere svært sammenhengende genom-sammensetninger som fullt ut inkorporerer repeterende TE-er, og (ii) bruke beregningsmessige og eksperimentelle tilnærminger for å evaluere de adaptive biologiske effektene av TE-avledede evolusjonære innovasjoner.
Med utviklingen av enkeltmolekylær sekvensering med lange avlesninger, nye beregningsmetoder for å skille mellom adaptive og nøytrale innovasjoner i genomreguleringen og mulighetene CRISPR/Cas9 gir for funksjonell validering, er det spennende å se at disse tidligere utfordringene og begrensningene nå kan løses.
I TRANSPOSE vil vi undersøke hvordan TE-er har formet 1) rediploidisering etter dupliseringen av laksefiskens helgenom, 2) remodellering av genuttrykk, 3) mikroomorganiseringer og lokal tilpasning, og 4) utviklingen av dynamiske kjønnskromosomsystemer.