Flere hundre forskjellige bakterier lever i tarmen din. Pranvera Hiseni finner ut hvilke. I rekordfart.
Hun har funnet over 5000 forskjellige bakteriearter i tarmene til mennesker over hele verden.
Pranvera Hiseni skriver doktorgrad om beboerne i tarmen din. Mange er ukjente. Akkurat hvilke de er og hvor mange det er av dem, har mye å si for hvor frisk du er.
– Det lever så mange bakterier i tarmene våre. Noen av dem vet vi om, men langt fra alle, sier hun.
Hiseni arbeider i det norske diagnoseselskapet Genetic Analysis. Samtidig tar hun en doktorgrad ved NMBU. Samarbeidet om doktorgraden er en såkalt Nærings-ph.d. – en ordning der en bedrift og et universitet eller en høyskole går sammen om et doktorgradsprosjekt.
Gjør deg syk eller frisk
Noen av bakteriene i tarmen din kan gjøre deg syk. Vi vet for eksempel at vi har E. coli-bakterier i tarmen, men hvis du har noen av de E- coli-artene som fører til sykdom, vil du gjerne vite det.
Andre bakterier er det stikk motsatt med: De er viktige for å holde deg frisk. Hvis du mangler dem, vil du gjerne vite det slik at du kan spise riktig mat eller få riktig medisin for å få dem tilbake.
– For 30 år siden visste vi lite om dette. Jo mer vi forsker, jo bedre ser vi hvor viktig bakteriene er for helsa. Hvis de ikke er i balanse – hvis det blir for mye av noen eller hvis noen ikke er der i det hele tatt – så kan det føre til mange sykdommer. Det kommer stadig nye studier som knytter bakteriene i tarmen til forskjellige sykdommer, forklarer Pranvera Hiseni.
Det som trengs da, er en måte å finne disse bakteriene på. Å finne ut hvilke som faktisk er der. Dessuten er det ikke nok å bare lete etter én bakterie.
25 tester i én
– Den store utfordringen med disse testene er at vi vet at tarmfloaren er kjempeviktig for helsa vår, men det er ikke én bakterie av gangen som er viktig. Vi bør sjekke for 20–30 bakterier samtidig, forteller professor Knut Rudi ved NMBU, som er hovedveileder for Hiseni.
Metoden som hun utvikler, gjør den jobben raskere, enklere og billigere enn de løsningene som er på markedet i dag.
– Du kan finne veldig mange bakterier fra bare én prøve. Foreløpig kan vi finne og bestemme 25 forskjellige arter i ett og samme reagensrør, forteller hun.
Det gjør hun og kollegene ved hjelp av qPCR – den samme maskinen som brukes for å finne ut om du er koronasmittet.
Hun tar det genetiske materialet som finnes i en avføringsprøve. Så bruker hun såkalte prober – korte DNA-sekvenser som kan feste seg til én bestemt bakterie, men ikke andre. Hvis akkurat de bakteriene er i prøven, så fester de seg til bakterien. Når hun så retter en laserstråle mot prøven, vil hun se hvilke bakterier som er der og hvilke som ikke finnes.
– Denne delen av arbeidet er allerede publisert og nesten ferdig. Det trengs mer arbeid før det er klart for markedet, men de tekniske løsningene er klare, forteller hun.
Tarmens «folkeregister»
Den andre delen av jobben er å finne ut hvilke bakterier som faktisk finnes i tarmene til mennesker over hele verden.
– Vi gikk gjennom prøver som ligger i databaser på nett – prøver fra friske mennesker over hele verden. Vi fant litt over 5000 bakterier som er til stede i en eller flere av disse prøvene, forteller hun.
Hver enkelt av oss har bare en liten del av dem. 52 av bakteriene finnes hos de aller fleste – hos over 70 prosent av alle som er testet over hele verden.
Dataene er nå blitt en del av HumGut – en oversikt over arvemateriale i tarmene.
Med testmetode og register på plass er Pranvera Hiseni snart ferdig med doktorgraden sin.
– Det er flott å kunne ta den som en nærings-ph.d. Når du gjør dette gjennom et firma, har du et klart konsept og klare mål. Jeg vet hva arbeidsgiveren venter og hvor funnene hører hjemme i det store bildet, sier hun.
Referanser:
- Pranvera Hiseni m.fl.: Liquid array diagnostics: a novel method for rapid detection of microbial communities in single-tube multiplex reactions, BioTechniques, 14. mars 2019, doi: 10.2144/btn-2018-0134
- Hiseni P, Rudi K, Wilson RC, Hegge FT, Snipen L. HumGut: a comprehensive human gut prokaryotic genomes collection filtered by metagenome data. Microbiome. 2021 Jul 31;9(1):165. doi: 10.1186/s40168-021-01114-w. PMID: 34330336; PMCID: PMC8325300.
Les også artikkel om Pranvera Hiseni i Aftenposten-bilaget Livsvitenskap: Graver i møkk for å redde verden
Fakta
LAD og HumGut
- LAD, Liquid Array Diagnostics, er en metode for å finne og artsbestemme bakterier i mennesketarmen. Den ble utviklet i samarbeid mellom NMBU og Høgskolen i Innlandet.
- LAD finner opptil 25 forskjellige bakterier i ett reagensrør ved hjelp av rimelige reaktanter, en qPCR-maskin og de samme instrumentene som laboratorier over hele verden allerede har.
- I teorien kan LAD finne alle levende organismer, men i doktorgradsarbeidet sitt konsentrerer Pranvera Hiseni seg om mikrober i tarmen.
- HumGut er en genom-database med de mer enn 5000 bakterieartene som er funnet i tarmene til mennesker over hele verden. Den skal gjøre det enklere å bestemme arter når det tas prøver. Resultatene hjelper legene med å stille diagnoser og bestemme hvordan pasienter skal behandles.
- Pranvera Hiseni tar en doktorgrad ved NMBUs fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap, KBM, mens hun arbeider hos Genetic Analysis i Oslo.
- Professor Knut Rudi ved NMBU er hovedveileder. Medveiledere er professor Rob Wilson ved Høgskolen i Innlandet og førsteamanuensis Lars-Gustav Snipen ved NMBU.