HFA350 Fra fenotyper til avlsverdier

Dette kurset er rettet mot å gi studentene alle ferdigheter som trengs for å arbeide i dyreavl- og genetikkindustrien, fra moderne fenomikkmetoder til avanserte kvantitative genetiske modeller. Kurset legger vekt på reell verdensanalyse og problemløsning på datasett gitt i samarbeid med norske avlsselskaper og organisasjoner. Denne praktiske erfaringen gir studentene mulighet til å anvende sine ferdigheter på et komplekst, tverrfaglig problem, og kulminerer i levering av en avlsstrategi eller produktforslag skreddersydd til selskapets behov.

Dette kurset utruster studentene med teoretiske og praktiske ferdigheter til å drive genetisk innovasjon gjennom integrasjon av de nyeste verktøyene og modellene innen fenomikk, lineære mixed modeller for avlsverdiestimering, inkludert genomisk seleksjon og kartlegging, samt en introduksjon til simulering. Fra generering av nye fenotyper, vil studentene arbeide med forskjellige digitale datastrømmer—som bilder, sensordata og vibrasjonsspektroskopi—for å utvikle nye, presise målinger av egenskaper som er kritiske for moderne avlsprogrammer. Gjennom praktiske øvelser ved bruk av R vil studentene oppnå ferdigheter i dataanalyse og tolkning for praktiske anvendelser i presisjonsavl.

Kurset går deretter over til avanserte lineære mixed modelleringsteknikker, varianskomponentestimering og avlsverdiprediksjon for å muliggjøre effektive seleksjonsbeslutninger. Studentene vil utforske ulike statistiske modeller, inkludert univariate dyremodeller, multivariate modeller, og modeller som inkorporerer genotype-miljø interaksjoner. Prediksjonsfeil og modell sammenligninger vil bli dekket for å styrke forståelsen og anvendelsen av disse statistiske metodene.

Studentene utvider sin forståelse av lineære mixed modeller til toppmoderne genomiske seleksjonsmodeller, relasjonsmatriser og genomomfattende assosiasjonsstudier.

Studentene introduseres til simuleringsverktøy og indeksseleksjon for å sikre avlsstrategier som samsvarer med bærekraftige og presisjonsavlsmål på tvers av ulike arter.

Kunnskap:

Studentene vil oppnå en teoretisk forståelse av hvordan man kan evaluere:

• Verdien av nye fenotyper fra forskjellige digitale teknologier.
• Modelltilpasning av lineære mixed modeller inkludert BLUP, SNPBLUP, GBLUP, GWAS og multitrait, varianskomponenter.
• Hvordan egenskaper kan inkluderes i et seleksjonsindeks for genetisk fremgang.

Ferdigheter:

• Dataanalyseskills for å inkludere diverse datatyper som bilde/video, vibrasjonsspektroskopi og sensorer.
• Konstruere mixed model-likninger for modeller med tilfeldige og faste effekter.
• Evnen til å estimere varianskomponenter og forutsi avlsverdier med kommersiell programvare (ASReml).
• Simulere et avlsprogram med innføring av nye strategier.
• Bidra i et team for å presentere et tverrfaglig prosjekt.
• Skrive, rapportere, diskutere og forsvare synspunkter i en individuelt produsert rapport.

Kompetanse:

Studentene vil være trygge når de blir utsatt for nye datasett og tverrfaglige avlsproblemer, og ha evnen til å finne optimale løsninger for genetisk fremgang og sosialt ansvarlig dyreavl.