Masterprogram
Intervjuer

"Livet har alltid fascinert meg – det er jo det mest kompliserte som finnes."

  • Marius Strand - BIAS
    Foto
    Sari C. Cunningham

Marius  Strand er masterstudent i bioinformatikk ved BIAS-gruppen, og forsker på nettverksanalyse av bakteriene i tarmen til laks. Han kommer fra Kristiansund, Nordmøre og har et fagbrev fra før som faglaborant.

"Livet har alltid fascinert meg – det er jo det mest kompliserte som finnes."

Hvordan ble du interessert i bioinformatikk?

Det var en gradvis utvikling, men jeg har alltid vært interessert i vitenskap. Som barn, så leste jeg fakta om dinosaurer og hadde Illustrert Vitenskap bladet. Livet har alltid fascinert meg – det er jo det mest kompliserte som finnes. Å få innsikt i det, det har alltid fascinert meg.

Da jeg begynte å studere på NMBU så visste jeg hva jeg ville og gikk rett inn i bioinformatikk. Jeg er kanskje en av få som valgte bioinformatikk med en gang jeg kom inn. Jeg visste at jeg ville ta bioinformatikk fordi den gir fine muligheter hvis du er interessert i biologien og teknologi i tillegg. Med bioinformatikk får du muligheten til å gjøre dataanalysene selv og er ikke avhengig av at andre gjør dem for deg. Det er så mye spennende som du kan se på. Det biologiske er det som er spennende – men matematikken og programmeringen er også kul og kreativ.

Bioinformatikk-programmet bygger bro mellom de matematiske og biologiske fagområdene.
Bioinformatikk-programmet bygger bro mellom de matematiske og biologiske fagområdene.
Foto
Bente Geving

Når jeg skulle få generell studiekompetanse for å komme inn hit, så måtte jeg ta opp matte. Så jeg bestemte meg for å sette meg ned og finne ut hva jeg hadde misforstått med matematikk, for helt siden barneskolen så hadde jeg tenkt ‘nei, det er tydeligvis ikke min greie’. Men med litt grundigere gjennomgang så falt en del brikker på plass og da kunne jeg plutselig matte da. Det åpnet for at jeg iallfall ikke er redd for matematikk – og det gjør at retninger som bioinformatikk ikke er like skummel lenger.

Hvorfor valgte du å ta mastergrad ved BIAS?

Da jeg begynte så hadde universitetet akkurat byttet til NMBU – det ligger jo i navnet, Biovitenskap. Her er det fokus på både biologi, programmering og statistikk – veldig anvendt, direkte og praktisk anlagt for biologien. Det finnes jo bioinformatikere som studerer først og fremst programmering, eller de er biologer som har lært seg programmering selv. Det i tillegg å ha labkurs og ikke bare fokus på programmering, da er det jo mulighet for å utføre lite grann av datainnsamlingen selv. Håpet mitt er å kunne være en person som har oversikt over alle aspekter: fra datainnsamling til prosessering til å jobbe med metoder for å få biologisk interessante data ut som du kan jobbe med.

Styret av Molekylet, 2015.
Styret av Molekylet, 2015.
Foto
Molekylet

Hvordan vil du beskrive din tid som student?

Jeg synes det har vært veldig fint. Når jeg først kom hit, hadde vi Fadderuka. Det var også UKA-år, så alt samlet var det mye som skjedde. Jeg ble BiAS-studentrepresentant i fakultetets studieutvalg mens jeg var på bachelorgraden. Det var et studentmøte hvor vi skulle få info – det skulle være en representant for studieutvalget der for mastergradsstudiet – men det var ingen der, så da var det sånn ‘du har valgt det, har du lyst til å være representant?’

Jeg har ikke vært med i noen foreninger, men jeg har vært webansvarlig i Molekylet, linjeforeninga for KBM. Det omfattet at vi forsøkte å gjenopplive nettsida – så da laget vi en ny. Og så var det jo å være med på styret da, for vi organiserte julebord, vårfest og litt forskjellige andre ting – spillkvelder for eksempel. Det er for alle studenter i KBM. Ift. andre linjeforeninger så arrangerer Molekylet fadderuka for nyankomne. En av de i styret blir faddersjef for fakultetet. Det er absolutt et sosialt liv når du er med der.

I tillegg har jeg vært hjelpelærer i BIN210, STIN100 og BIO101. Det har vært både utfordrende og gøy. Jeg anbefaler alle å prøve å være det.

Molekylet er den sosiale og pedagogiske foreningen for kommende bioteknikere, matforskere og kjemikere ved NMBU.
Molekylet er den sosiale og pedagogiske foreningen for kommende bioteknikere, matforskere og kjemikere ved NMBU.
Foto
Molekylet
Fortell meg litt om din masteroppgave/forskningsprosjekt.

Vi er interessert i hvordan mikroorganismer kommuniserer og blir en del av laksen og er viktige for utviklingen. I hovedsak så handler oppgaven min om rollen til mikroorganismer i tarmen til laks – å skjønne hvilke bakterier og gener kan være interessant å se på videre.

Dataene kommer fra et langtids fôreksperiment, der de har gitt laksen forskjellige typer fôr: noen inneholder omega 3 mens andre ikke. Når laksen er i ferskvann så kan den lage sine egne fettsyrer av andre, men den mister den evnen når den kommer i havet. Det er også sånn at overgangen fra ferskvann til saltvann påvirker tarmbakteriene. Egentlig er det ganske mye som foregår i dette datasettet.

 

Atlanterhavslaksen (Salmo salar).
Atlanterhavslaksen (Salmo salar).
Foto
Sherman F. Denton

Jeg bruker nettverksanalyse til å redusere antall dimensjoner i data til noe som er mer håndterlig, noe som faktisk gjør det mulig å lage seg noen nye hypoteser. Det blir vel etter litt filtrering 32 000 gener, mer enn det er i mennesket – du kan ikke se på det. Så jeg tar alle transkripter på gennivå, og alle bakterier som vi har målt og så forsøker jeg å finne grupper med gener og grupper med bakterier som oppfører seg likt i genuttrykk og tallrikhet. Da får du dem ned til noe sånt som 25 grupper. Da har du kvantitative data på hvordan de oppfører seg, hvordan de endrer seg, på et overordnet nivå.

Det er helt enkle, lineære modeller – det skal ikke være noe veldig komplisert. Det er allerede en eksisterende R-pakke, og dette er bare en naturlig utvidelse av den. Jeg har ikke sett noen andre som har gjort akkurat dette.

Menneske, hvis vi ikke har en god sammensetning av bakterier, så kan vi bli syke – så vil tarmsystemet ikke utvikle seg riktig. Vi er rett og slett omringet av bakterier og avhengige av dem, og det gjelder også mange dyr. Men så gjelder det å finne hvilke forhold som er spesielle og hvilke som er generelle, for hver art, ikke sant. Det er studert veldig mye med mus og mennesker, men ikke så mye med dyr i akvatiske miljø og lite med fisk. Derfor er det interessant å undersøke dyr sånn som laksen; laksen er interessant, og den har jo økonomisk verdi for Norge også.

Et lite vektet nettverk visualisert som en graf og som en adjacency matrise.
Et lite vektet nettverk visualisert som en graf og som en adjacency matrise.
Foto
Marius Strand
Hva skulle du si til en innkommende student – råd/tips?

Jeg vil si at denne gruppa er veldig koselig. Vi har en del BIAS-gruppemøter hvor vi får lunsj. Det er jo lurt å være med fra tidlig av, bli kjent med folkene her, bruk det at du har tilgang til professorer, bli kjent med dem, snakk med dem. Hvis du begynner tidlig kan du forhøre deg om oppgaven din – det kan hende de har masse de har lyst å jobbe med. Ikke vær sånn tidlig ute med å bestemme deg, men med å kommunisere og spørre. Får litt innblikk – du må eksponeres for ting før du kan ta et godt valg.  

Hva er dine tanker rundt fremtiden, hva vil du gjøre?

Jeg har lyst til å holde på med forskning, da – det er jo det jeg har hatt lyst til hele tida. Det er der jeg ser meg selv, så får vi jo se om det er det, da. Det hadde vært veldig interessant å ha lært meg litt mer av matematikken som ligger bak, og litt mer av biologien. Jeg har jo tenkt å søke på en PhD som kommer opp. Tanken ligger der med å gå videre.

Har du et favorittkonsept i ditt fagfelt som du gjerne vil dele?

Konseptet med hel-genomsduplisering, som er tilfellet i laksen. Jeg har jo alltid vært fan av evolusjon og et av konseptene som kan være vanskelige innen evolusjon er hvordan gradvis endringer, selv når man forstår det på et molekylært nivå, kan lede til helt nye egenskaper i dyr. Hvordan utviklingen kan skje så fort – selv om det kan ta millioner av år, så kan evolusjonen gå ganske fort av og til.

Laksens forfader gjennomgikk en hel genomduplisering.
Laksens forfader gjennomgikk en hel genomduplisering.
Foto
Shutterstock

Ideen med hel-genomsduplisering – og ideen er ganske enkel – er at alle celler må dele seg for å kunne bli til to nye celler. Det er en fundamental del av det å være ei celle i seg selv. Da må du kopiere DNA, og hvis den ene cella beholder alt DNA, så har du plutselig dobbelt så mange gener. Det er selvfølgelig litt vanskeligere enn dette i dyr med seksuell reproduksjon, men grunnprinsippet er der.

Den prosessen med å få duplisert opp alt – det er som å ha en garasje med verktøy og en haug med materialer, og så plutselig får du en ny garasje med nye verktøy og materialer. Du kan bygge det du skulle ha bygget, og så kan du plutselig bygge noe helt nytt i den andre garasjen.

Det virker så mye mer forståelig hvordan ting henger sammen – og det er det jeg elsker med biologien. Men for å lære om biologien på den måten så trenger du bioinformatikken; det gir deg jo tankeverktøy for å skjønne mye mer rundt det vi observerer i naturen.

Published 29. januar 2020 - 9:18 - Updated 29. januar 2020 - 10:24