Mikrobiell genomikk

Moderne sekvenseringsteknologier har åpnet øynene for bakterienes verden, en verden som i stor grad var ukjent for bare et tiår siden. Hele genomsekvensering genererer et stort bibliotek med data, som krever at bioinformatikere og statistikere skal gi mening om det.

Ved å studere mikrobielle genomer, kan vi forstå hvordan bakterier endrer seg og utvikler seg, og hvilken rolle genetikk spiller i egenskapene de viser. Dette kan føre til bedre metoder for å dempe sykdomsutbrudd, eller potensielt gi næring til de gunstige bakteriene i tarmen.

Hos BIAS samarbeider vi vanligvis med andre forskningsgrupper, og bidrar med vår ekspertise innen bioinformatikk og anvendt statistikk til forskjellige mikrobielle prosjekter.

Prosjekter:

  • Metagenomdata i rettsmedisiner

Hvor gammel er et biologisk spor fra et forbrytelsessted? Svaret kan bidra til å plassere mistenkte på scenen, mens du utelater andre personer. Vi undersøker for tiden bruken av metagenomdata for å løse dette mangeårige problemet i rettsmedisin. Vårt samarbeid om dette prosjektet er med Institute of Forensic Medicine ved University of Zurich, og med Rettsmedisinske fag ved Oslo universitetssykehus.

For videre lesing, sjekk ut følgende forskningsartikler:

Hanssen, E.N., Liland, K.H., Gill, P., Snipen, L. (2018). Optimizing body fluid recognition from microbial taxonomic profilesForensic Science International: Genetics, 37: 13–20. doi: 10.1016/j.fsigen.2018.07.012   

Hanssen, E.N., Avershina, E., Rudi, K., Gill, P., Snipen, L. (2017). Body fluid prediction from microbial patterns for forensic application. Forensic Science International: Genetics, 30: 10–17. doi: 10.1016/j.fsigen.2017.05.009 

  • Redusert metagenom-sekvensering:

Redusert metagenom-sekvensering er en ny metodikk som vi utvikler sammen med Microbial Diversity Lab (MiDivLab) ved KBM, NMBU og  Biomedisinsk informatikk (BMI) aved Universitetet i Oslo. Vi tror at dette verktøyet har potensialet til å hjelpe oss med å utforske den menneskelige tarmen mikrobiota.

Ved å kjenne tarmfloraen vår bedre, håper vi å forstå hvilken rolle den spiller i utviklingen av barnas astma, allergier og dermatitt, og ikke-smittsomme sykdommer som diabetes og hjerte- og karsykdommer. Dette kan bane vei mot nye tilnærminger innen allergi og forebygging av sykdommer, et sentralt mål i forskningsprosjektet Preventing Atopic Dermatitis and Allergies (PreventADALL) ved Oslo universitetssykehus. 

MicroRMS-programvaren er et produkt av den reduserte metagenom-sekvenseringen vi utvikler med MiDivLab. 

For videre lesing, sjekk ut følgende forskningsartikkel:

Ravi, A., Avershina, E., Angell, I.L., Ludvigsen, J., Manohar, P., Padmanaban, S., Nachimuthu, R., Snipen, L., Rudi, K. (2018). Comparison of reduced metagenome and 16S rRNA gene sequencing for determination of genetic diversity and mother-child overlap of the gut associated microbiotaJournal of Microbiological Methods, 149: 44–52. doi: 10.1016/j.mimet.2018.02.016 

Published 27. januar 2020 - 14:35 - Updated 5. February 2020 - 12:37