Laksens skjulte genetiske variasjon

Av Janne Karin Brodin

I sin doktorgrad har Kristina Stenløkk bidratt til økt forståelse av hele spekteret av genomisk variasjon i individet.
I sin doktorgrad har Kristina Stenløkk bidratt til økt forståelse av hele spekteret av genomisk variasjon i individet.Foto: Janne Karin Brodin

I sitt doktorgradsarbeid har Kristina Stenløkk kartlagt strukturell genomisk variasjon i laks. Kunnskap om denne «skjulte» genetiske variasjonen bidrar til økt forståelse av hele spekteret av genomisk variasjon i individet.

Mutasjoner skaper genetisk variasjon - det vil si forskjeller i arvestoffet mellom individer – og er det som ligger til grunn for den arvelig variasjon i egenskaper. Kunnskap om genetisk variasjon er derfor nøkkelen til å forstå hvordan naturlig seleksjon har formet tilpasninger til miljøet over millioner av år eller hvilke gener som kan påvirke økonomisk viktige egenskaper innen landbruk og akvakultur.

Genetisk variasjon forekommer i ulike former og størrelser. Punktmutasjoner er endringer av en bokstav i DNA-koden og er den enkleste formen for genetisk variasjon. Siden denne variasjonen er enkel å måle har de blitt brukt mye i studier for å forstå hvordan genetikk og egenskaper henger sammen.

Andre typer genetisk variasjon påvirker større endringer i DNAet, f.eks. større delesjoner eller inversjoner. Denne typen «skjult» variasjon kalles genomisk strukturell variasjon (SVs) og har fram til nå vært vanskelig å identifisere og måle på en effektiv måte. Men ved hjelp av ny sekvenseringsteknologi («long-read-sekvensering») kan vi nå lese av større strekker av DNA-koden på en gang. Dette gjør at vi kan studere hele spekteret av genomisk variasjon, og derfor også bedre forstå evolusjon og hvordan genetiske mekanismer påvirker egenskapene til dyr og planter (inkludert oss selv).

I sin doktorgrad har Kristina Stenløkk kartlagt strukturell genomisk variasjon i to arter av laksefisk: Atlanterhavslaks og en Nordamerikansk type sik ved hjelp av ny sekvenseringsteknologi og studert hvordan denne typen variasjon kan være koplet til ulike miljøtilpasninger. Den nye kunnskapen og de nye genomiske ressursene i Kristina sin doktorgrad er viktige bidrag til grunnleggende forståelse av laksefiskens biologi og genetikk og vil også kunne spille en viktig rolle i framtidas avl for mer bærekraftig akvakultur. 

Kristina Stenløkk forsvarer 21. april ved NMBU sin avhandling med tittelen:  "Strukturell variasjon som påvirker genetisk miljøtilpasning i laksefisk"

Fakta

Engelsk tittel på avhandlingen:
“Genomic structural variations as drivers of adaptation in salmonid fishes"

Norsk tittel på avhandlingen:
"Strukturell variasjon som påvirker genetisk miljøtilpasning i laksefisk"

Tittel på prøveforelesning:
“The contribution of epigenetic variation to (heritable) differences in phenotype”

Tid og sted:
Friday 21 April at 09.00, room H109, Husdyrfagbygningen, NMBU
Du kan delta via Zoom: https://nmbu.zoom.us/j/64241611885

Evalueringskomitee:
Ass. Prof. Maren Wellenreuther, University of Auckland
Prof. Martien A. M. Groenen, Wageningen University
Prof. Dag Inge Våge, NMBU

Veiledere:
Main supervisor: Prof. Sigbjørn Lien, NMBU
Co-supervisor: Prof. Simen Rød Sandve, NMBU
Co-supervisor: Postdoc. Marie Saito, NMBU
Co- supervisor: Researcher Nicola Barson, NMBU
Co-supervisor: Postdoc. Michel Moser, NMBU

Publisert - Oppdatert

Del på