Rotstokkråte og lærråte i jordbær

Rotstokkråte og lærråte er to forskjellige sykdommer i jordbær som forårsakes av to varianter av pseudosoppen Phytophthora cactorum. Rotstokkråte-varianten kan infisere både rotstokk og bær, mens lærråte-varianten bare kan infisere bærene, men begge sykdommene er svært skadelig for jordbærproduksjonen. Samtidig vet vi at mottageligheten varierer mellom sortene, men at markjordbær (Fragaria vesca) ofte er svært motstandsdyktig. Den genetiske årsak til resistens hos jordbær og virulens hos Phytophthora cactorum er temaet i doktorgraden (PhD) til Anupam Gogoi. Avhandlingen har tittelen "Virulensmekanismer hos Phytophthora cactorum og forsvarsresponser hos vertplanten jordbær" og skal forsvares på Norges miljø og biovitenskapelige universitet (NMBU) 12. oktober 2021.

Virulens

Begge skadegjørerne kan forårsake store avlingstap i jordbærproduksjon i mange land. P cactorum kan også gi sykdom på en lang rekke andre plantearter bl.a. både frukt og prydplanter. De er dessuten i slekt med skadegjørerne som er årsak til rød marg i jordbær, rød rotråte i bringebær og tørråte i potet. I dette doktorgradsarbeidet ble stammer av Phytophthora isolert fra jordbær og eple fra forskjellige steder i Norge. For å undersøke de genetiske komponentene som er assosiert med rotstokkråte- og lærråte-variantene, ble genomene til fem forskjellige stammer med forskjellig sykdomsevne fullstendig sekvensert. Spørsmålet var om man kunne finne forskjeller i genomene som kunne tilskrives forskjeller i sykdomsevne.

Grunnforskning

Det ble blant annet funnet en unik genklynge som koder for sekreterte proteiner i det rotstokkråteisolatet som gav mest sykdom. I tillegg ble det funnet en del andre forskjeller i såkalte effektorer som regnes som viktige for infeksjon. Informasjon om gener og proteiner, som er viktige for sykdomsorganismen kan bidra til fremtidige bekjempelsesmidler av sykdommen. Siden markjordbær regnes som en av de tre arter som er opphavet til hagejordbær kan resultatene fra denne doktorgraden på sikt bidra til arbeidet med å foredle nye sorter som er motstandsdyktige mot rotstokkråte. Dette doktorgradsarbeidet er viktig grunnforskning som gir innsikt i både sykdomsmekanismer hos Phytophthora cactorum og forsvarsmekanismer hos jordbær.

Anupam Gogoi(29) er fra North Lakhimbur i India. Han har en master i agricultural biotechnology fra Assam Agricultural University, India, før han i 2018 begynte som doktorgradsstipendiat ved Institutt for plantevitenskap/BIOVIT, med støtte fra NMBU og NIBIO. Hovedveileder har vært professor May Bente Brurberg (NMBU), med professor Arne Stensvand, NMBU og Håvard Eikemo, NIBIO som medveiledere.