Klassifisering av gjærsopp ved å koble molekylær og fenotypisk analyse

Claudia Colabella har i sitt doktorgradsarbeid utviklet en identifikasjonsmetode for diagnose av patogene gjærsopper. Den nye metoden utnytter indre variasjoner i ribosomalt DNA og kobler molekylær og fenotypisk analyse.

Klassifisering av gjærsopp ved å koble molekylær og fenotypisk analyse

Korrekt identifisering og klassifisering av sopp er essensielt for grunnleggende biologisk forskning og for skjæringsfeltet mellom menneskeheten og biodiversitet (f.eks. jordbruk, økologi og patologi). DNA barkoding har vist seg å være et nyttig verktøy for å forstå patogene gjærsoppers biodiversitet, økologiske roller og geografiske fordeling. Målsetningen med dette doktorgradsarbeidet har vært å oppnå bedre forståelse av organiseringen av ribosonalt DNA (rDNA) og å koble molekylær og fenotypisk analyse for å sikre en stabil og meningsfull taksonomi. Et viktig mål har vært å demonstrere hvordan anvendelse av nye strategier for å oppdage variasjoner innenfor rDNA tillater identifisering og klassifisering av arter. Artene  som har blitt analysert stammer fra ulike miljøer som er relevante for hvit, grønn og rød bioteknologi. Avhandlingen viser hvordan molekylær analyser i kombinasjon med metabolomiske analyser kan styrke mikrobiell kontroll i matindustrien. Videre har arbeidet bidratt til kunnskap om genetisk variasjon i gjærsopp. Forskningen kombinerer to teknikker, fokusert på molekylær og fenotypisk identifisering av gjærstammer, som gir en dypere forståelse av individuelle sekvenser og av varianter mellom de samme DNA-sekvensene som finnes i ulike tandemrepetisjoner. Kombinasjonen av fenotypiske og molekylære karakterer i dette arbeidet vil være av generell interesser i mange biologiske områder, og spesielt innen mikrobiologi og ved infeksjoner/smitte. Rask og nøyaktig identifisering av patogene gjærsopper er avgjørende ved klinisk diagnose fordi de kan forårsake sykdom eller død, selv etter behandling. For klinisk diagnose er nye, raske og sikre identifikasjonsmetoder med høy kapasitet ønskelige. 

Published 30. juni 2017 - 14:16 - Updated 30. juni 2017 - 14:19