Før påske ble den unike nanoporeteknologien fra Oxford Nanopore Technologies vist frem på Veterinærhøgskolen.
Mandag 19. mars var NMBU Veterinærhøgskolen vertskap for et fulldagsseminar om den nye DNA-seksvenseringsteknologien som er utviklet ved Oxford Nanopore Technologies. Over hundre deltakere satt og lyttet til anerkjente internasjonale eksperter og brukere av teknologien. Seminaret ble organisert av Christiaan Henkel og professor Finn-Arne Weltzien fra NMBU Veterinærhøgskolen.
Analyseverktøyet får plass i lomma
Seminaret ble åpnet av dekan Anne Storset og visepresidenten ved Oxford Nanopore Technologies, Richard Compton, som begge trakk frem det revolusjonære med denne metoden for DNA-analyse. Det er ikke lenge siden DNA-sekvensering var en kostbar metode som bare ble brukt av eksperter i laboratorier. Nå kan analyser av DNA og RNA bli utført av MinION sequencer, en enhet som ikke er større eller dyrere enn en mobiltelefon. Genanalyse er blitt tilgjengelig for alle.
Nanoporeteknologi fungerer ved at en DNA-tråd ledes gjennom en proteinpore. Der blir den elektriske strømmen den induserer målt og dette signalet gir bakgrunnen for å lese nukleotidesekvensen i DNA. Kort fortalt blir DNA-tråden «delt i to» og lest av gjennom proteinporen. Denne prosessen krever ingen kjemikalier eller gjenkjennelsesteknologi, som ellers blir brukt. Derfor kan MinION være liten, bærbar og billig i drift. Dataene blir tilgjengelige umiddelbart ettersom DNA blir lest og man kan begynne å analysere med én gang.
Bruker teknologien for å oppdage livstruende baterielle infesjoner
Mulighetene og fordelene med denne måten å analysere på ble overbevisende illustrert av Ola Brynildsrud fra Folkehelseinstituttet og Nicholas Sanderson fra Oxford. Begge bruker MinION sequencer som en rask og mobil diagnostiseringsenhet for å oppdage og identifisere livstruende bakterielle infeksjoner.
Roger Meisal fra NMBU forklarte hvordan MinION også kan brukes for å demonstrere sekvenseringsteknologi og genomanalyse i undervisningsøyemed .
Andre foredragsholdere trakk frem mulighetene for å analysere store mengder genomer fra verbrater med muligheter for både genetisk diagnostisering i klinikk og forskning på dyr.
Sekvenserte sitt egen genom
Wigard Kloosterman fra Nederland kunne fortelle at han hadde sekvensert sitt eget genom på den splitter nye PromethION-enheten. Matt Loose fra Storbritannia fokuserte på teknologiens evner til å lese ultralange deler av DNA, noe som fører til vesentlig forbedrede analyser. Matthew Kent og Christiaan Henkel fra NMBU beskrev deres respektive forsøk på å sekvensere genomene til flere fiskearter.
Divya Mirrington og Oliver Hartwell fra Oxford Nanopore Technologies avsluttet dagen med en praktisk visning av teknologiens muligheter.