Raske resultater med ny genteknologi

Av Camilla Wiik Gjerdrum

Den europeiske ålen er sterkt utrydningstruet. Nå har ny teknologi gitt store fremskritt i kunnskapen om ålens genomsekvens.
Den europeiske ålen er sterkt utrydningstruet. Nå har ny teknologi gitt store fremskritt i kunnskapen om ålens genomsekvens.Foto: Erling Svensen/WWF

Ny teknologi innen genomikkforskning vil gi økt kunnskap om akutt utrydningstruet ål. NMBU-forskere har publisert metoden i Scientific Reports.

Den europeiske ålen er kritisk utrydningstruet. Noen av årsakene er overfiske, parasitter, vassdragsreguleringer og forandringer i havet. Ålen formerer seg bare i Sargassohavet, 6000 kilometer fra fastlandet i Europa og så langt har det ikke lyktes forskere å få ålen til å yngle i fangenskap. Nettopp derfor stammer alle ål som blir produsert og konsumert fra ville bestander som stadig synker.

I en artikkel nylig publisert i Scientific Reports har et internasjonalt team av forskere fra blant annet NMBU, vist hvordan ny teknologi effektivt kan brukes til å få informasjon om den europeiske ålens genomsekvens.

Ny mini-modell for lesning av DNA-kode
Gjennom genomikkforskning, altså forskning på struktur og funksjon til det genetiske arvematerialet, har mange områder innen biologien tilegnet seg ny kunnskap de siste årene. Den nyeste metoden for å lese DNA får plass inni hånden og er billigere enn tidligere brukt teknologi. MinION er utviklet av Oxford Nonopore Technologies, og gir raske resultater.

Gjennom denne lille MinION fra Oxford Nanopore Technologies, kan forskere nå lese DNA/RNA direkte og uten omveier. Metoden er omtalt i Scientific Report og gir store muligheter innen genomikkforskning.
Gjennom denne lille MinION fra Oxford Nanopore Technologies, kan forskere nå lese DNA/RNA direkte og uten omveier. Metoden er omtalt i Scientific Report og gir store muligheter innen genomikkforskning. Foto: Oxford Nanopore Technologies

Denne kunnskapen vil gi svært nyttig informasjon om hvordan ålen lever, hva den trenger for å formere seg og hvordan den har utviklet seg over tid.

Store muligheter for forskere
Genomet til den europeiske ålen er det første genomet til et virveldyr som er basert på den nye sekvenseringsteknologien. I tillegg til de bioinformatiske metodene som er beskrevet i artikkelen fra Scientific Reports, er denne teknologien lovende fordi den er rimelig og ikke krever stor databehandlingskraft.

Fakta

Fra NMBU Veterinærhøgskolen ledes arbeidet av professor Finn-Arne Weltzien i det internasjonale forskningsnettverket IMPRESS.

FAKTA

  • Den nye MinION bruker nanopore sekvensering.
  • Nanopore sekvensering er en ny DNA/RNA-sekvenseringsteknologi som baserer seg på en bitteliten (derav nano) proteinpore i cellemembranen som DNA/RNA kan «trekkes» gjennom og den kodede sekvensen kan leses av.
  • Den nye metoden kan leses direkte.
  • Metoden kan produsere veldig lange sekvenser og gjør det enklere for forskerne å analysere dataene.

Publisert - Oppdatert

Del på