Emner

BIN310 Utvalgte emner i mikrobiell genomikk

Studiepoeng:10

Ansvarlig fakultet:Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap

Emneansvarlig:Lars-Gustav Snipen

Campus / nettbasert:Undervises campus Ås

Undervisningens språk:Engelsk, norsk

Antall plasser:60

Frekvens:Oddetallsår

Forventet arbeidsmengde:70 t med veiledning tilstede. 180 t egeninnsats.

Undervisnings- og vurderingsperiode:Emnet starter i høstparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i høstparallellen.

Om dette emnet

Moderne sekvenseringsteknologi, shotgun og amplicon-sekvensering. Assemblering og annotering av prokaryote genomer og metagenomer. Komparativ genomikk og metagenomikk. Analyse av data fra mikrobielle samfunn. Bruk av tungregne ressurser.

Kompetanse i bioinformatikk kan brukes for bidra til alle bærekraftsmål som innvolerer biologi (helse, mat, natur).

Dette lærer du

KUNNSKAPER: Skal kjenne til en rekke relevante bioinformatiske verktøy som benyttes innen mikrobiell genomikk, samt ideene bak de vanligste algoritmene knyttet til disse. Bli kjent med et UNIX regne-cluster og enkel bruk av shell-scripting. Kjenne til noen vanlige statistiske metoder for metagenomstudier og anvende disse på reelle data gjennom bruk av R og R-pakker.

FERDIGHETER: Studentene skal kunne anvende elementer av temaene over til å løse problemer i prosjektoppgaver i emnet. Lage enkle script i shell og R og kjøre tyngre analyser på et UNIX regne-cluster. Studentene skal kunne presentere fagaktuelt materiale, både muntlig og skriftlig.

GENERELL KOMPETANSE: Kunne sette seg inn i framtidens pipelines for (meta)genomstudier. Praktisk programmeringskompetanse rettet mot analyse av bio-data.

  • Læringsaktiviteter
    Emnet baserer seg på en digital plattform bestående av skriftlig materiale i form av en serie markdown-dokumenter og en rekke filmer (screencast). All fysisk undervisning foregår gjennom ukentlige øvingstimer, som brukes til diskusjon og oppklaring rundt oppgaver, samt enkle forelesninger over temaer det ønskes utdypning av. Det avsettes også tid til muntlig presentasjon av prosjekter.
  • Læringsstøtte
    Aktiv bruk av Canvas.
  • Pensum
    Vil bli spesifisert ved emnets oppstart.
  • Forutsatte forkunnskaper

    Introduksjon til bioinformatikk (BIN210) - Litt kjennskap til moderne sekvensering - Grunnleggende om sekvens-sammenstillinger, parvise, multiple, databasesøk (BLAST) - Grunnleggende om fylogeni

    Introduksjon til statistikk (STAT100) - Kjennskap til stokastiske variable og parametre - Grunnleggende sannsynlighets-regning, betingede sannsynligheter

    Introduksjon til programmering (STIN100) - Kjenne datatypene numeric, character, logical, factor - Kjenne datastrukturene vector (array), matrise, tabell (tibble/data.frame), liste - Kjenne til konsepter som løkker og funksjoner/metoder

    Emnet krever ingen avansert koding, men vi har heller ingen tid til generell opplæring i koding. All koding vil foregå i R eller shell (bash).

  • Anbefalte forkunnskaper
    Programmering, samt statistikk utover introduksjonsnivå.
  • Vurderingsordning, hjelpemiddel og eksamen
    Mappeevaluering. Det blir gitt flere prosjektoppgaver, og alle prosjekter må være bestått for at emnet skal være bestått.

  • Sensorordning

    Intern sensur.

    Ekstern sensor godkjenner opplegg for vurdering.

  • Merknader
    Studenter må ha egen laptop til øvinger.
  • Undervisningstider
    6 timer med aktiv undervisning per uke. Dette er en blanding av forelesninger, hands-on øvinger og oppgaveløsning i grupper
  • Fortrinnsrett
    M-BIAS, M-BIOTEK, M-KB, M-GS
  • Opptakskrav
    Realfag