NOVA-412 Automatisert feltfenotyping

Studiepoeng:5

Ansvarlig fakultet:Fakultet for biovitenskap

Emneansvarlig:Morten Lillemo

Campus / nettbasert:Undervises campus Ås

Undervisningens språk:Engelsk

Antall plasser:25

Frekvens:Årlig, rotasjon mellom nordiske land

Forventet arbeidsmengde:

25 timer seminar, workshops og øvinger

15 timer forelesninger

85 timer individuelt arbeid

Totalt: 125 timer

Undervisnings- og vurderingsperiode:Emnet går i juli 2022 som et NOVA-kurs. Det vil være en ukessamling på NMBU, Ås, 4.-8. juli, 2022.

Om dette emnet

Vi står overfor klimaendringer som krever en raskere utvikling av nye plantesorter og effektive teknologier som kan brukes i framtidas landbruk. Dette kurset har som mål å gi en introduksjon til de nye framvoksende forskningsområdene innen plantefenotyping med fokus på fenotyping av planter i feltforsøk og dataanalysemetoder relatert til dette.

Kurset vil introdusere de framvoksende teknologiene relatert til i) kontrollerte miljø som gjør det mulig å simulere og teste framtidige klimaforhold, ii) automatiserte og bildebaserte fenotypings­teknologier som gjør det lettere å koble genotyper til fenotyper, iii) «high throughput» feltfenotyping, iv) bioinformatikk og analyser av -omics data for å forstå molekylære nettverk. Kurset vil ha et spesielt fokus på fenotyping av planter i feltforsøk, og vil gi studentene praktisk erfaring med bruk av håndholdte sensorer, automatisk bildetaking med drone og robot og etterfølgende dataanalyser for å besvare biologiske spørsmål. Formålet med kurset er å gi studentene basiskunnskap og innsikt i mulighetene som nye fenotypingsmetoder gir innen forskning på planter og som verktøy i foredling av nye plantesorter.

Dette lærer du

Deltakelse i forelesninger og skriving av læringsdagbok (2 ECTS)

  • Kunnskap om hele spekteret av sensorer som er tilgjengelig for plantefenotyping
  • Kunnskap om standard dataanalyseprosesser for fenotypingsdata fra feltforsøk, inkludert bildeanalyser
  • Innsikt i mulighetene og utfordringene med ulike forsøksdesign i plantefenotyping

Deltakelse i workshops/øvinger (1 ECTS)

  • praktisk erfaring i bruk av fenotypingsmetoder i feltforsøk, datainnsamling og datanalyser

Litteraturstudium, presentasjon, skriving av øvingsrapport som før- og etterarbeid (2 ECTS)

  • innsikt i valgt biologisk prosess og/eller fenotypingsteknologi basert på studier av utvalgt litteratur
  • bruk av tillært kunnskap gjennom skriving av øvingsrapport fra kurset
  • Forelesninger: Følgende tema vil bli behandlet:

    • Metoder innen feltfenotyping
    • Data prosessering og analyser av dronebilder fra feltforsøk
    • Lavkostnads fenotypingsmetoder
    • Klorofyll fluorescence teknologier i plantefenotyping
    • Bioinformatiske analyser av -omics data

    Praktisk arbeid med bruk av fenotypingsverktøy og tilhørende dataanalyser

    Journal club: Studentpresentasjoner basert på tildelt litteratur, i grupper.

  • Lærerne vil være tilstede under kursuken og gi aktiv veiledning av læringsaktivitetene
  • Litteratur som vil bli sendt til studentene før kurset

    Forelesninger og øvinger under kursuken

  • Mastergrad i relevant fagområde. Relevante områder: jordbruk, biologi og miljøvitenskap.
  • Bestått/ikke bestått basert på aktiv deltakelse i øvingene på kurset, presentasjon av litteraturseminar, innlevering av læringsdagbok og øvingsrapport
  • Selvstudium og forberedelse av presentasjon, aktiv deltakelse i journal club, forelesninger og øvinger, skriving av læringsdagbok og øvingsrapport.
  • Kurset er et felles nordisk NOVA PhD kurs organisert av Morten Lillemo, NMBU. Lærerer fra NMBU, Universitetet i Helsinki og Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU) vil undervise på kurset. Oppdaterte kursbeskrivelser og informasjon om påmelding vil komme på NOVAs nettsider:

    www.slu.se/nova

  • 25 timer seminar, workshops og øvinger

    15 timer forelesninger

  • Kurset er ment for ph.d. studenter med grunnleggende kunnskaper i relevante fagområder som planteforedling, biologi og miljøvitenskap. Studenter med forskning relatert til fenotyping i deres ph.d. prosjekt vil bli prioritert.

    Studenter på ph.d. nivå har førsteprioritet. Masterstudenter kan tas opp hvis det er ledig plass.

  • Ingen
  • Bestått/ Ikke bestått
  • Kurset er ment for ph.d. studenter med grunnleggende kunnskaper i relevante fagområder som planteforedling, biologi og miljøvitenskap. Studenter med forskning relatert til fenotyping i deres ph.d. prosjekt vil bli prioritert.

    Studenter på ph.d. nivå har førsteprioritet. Masterstudenter kan tas opp hvis det er ledig plass.