Detaljer om emnet BIN310

BIN310 Utvalgte emner i genomanalyse

English course Information

Søk etter andre emner

Viser emnet slik det undervises i studieåret med start i 2019 .

Emneansvarlige: Lars Gustav Snipen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Oddetallsår
Undervises på språk: EN, NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
50
Undervises i periode:
Emnet starter i høstparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i høstparallellen.
Første gang: Studieår 2006-2007
Emnets innhold:
Moderne sekvenseringsteknologi, shotgun og amplicon-sekvensering. Assemblering og annotering av prokaryote genomer og metagenomer. Simulering av sekvens-data, både Illumina og Nanopore. Analyse av data fra mikrobielle samfunn (readcount-tabeller)
Læringsutbytte:

KUNNSKAPER: Skal kjenne til ideene bak vanlige algoritmer knyttet til prosessering og analyse av sekvens-data. Bli kjent med et UNIX regne-cluster og enkel bruk av shell-scripting. Kjenne til noen vanlige statistiske metoder for metagenom-studier og anvende disse på reelle data gjennom bruk av R og R-pakker.

FERDIGHETER: Studentene skal kunne anvende elementer av temaene over, til å løse et større problem i en prosjektoppgave i emnet. Lage enkle script i shell og R og kjøre tyngre analyser på et UNIX regne-cluster. Studentene skal kunne presentere fagaktuelt materiale, både muntlig og skriftlig.

GENERELL KOMPETANSE: Kunne sette seg inn i framtidens pipelines for (meta)genom-studier. Praktisk programmerings-kompetanse rettet mot analyse av bio-data.

Læringsaktiviteter:
En dobbeltforelesning ukentlig. En til to dobbelttimer øving per uke på datasal, med veiledning. Øvingene kan også benyttes til ad-hoc-forelesninger over temaer det ønskes utdypning av. Muntlig presentasjon av skriftlig rapport.
Læringsstøtte:
Aktiv bruk av Canvas.
Pensum:
Vil bli spesifisert ved emnets oppstart.
Forutsatte forkunnskaper:
Introduksjon til bioinformatikk tilsvarende BIN210. Statistikk tilsvarende STAT100.
Anbefalte forkunnskaper:
Programmering, samt statistikk utover introduksjons-nivå.
Obligatorisk aktivitet:
Det skal skrives en rapport over et tema som vil bli annonsert ved emnets oppstart. Det skal også holdes en muntlig presentasjon av rapporten.
Vurderingsordning:
Skriftlig eksamen, 3,5 timer, teller 100%
Sensor:
Eksamenen vil godkjennes av en ekstern sensor. Et tilfeldig utvalg på 25 eksamensbesvarelser vil evalueres av ekstern sensor.
Merknader:
Studenter må ha egen laptop til øvinger.
Normert arbeidsmengde:
26 t forelesning. 44 t øvinger med veiledning tilstede. 230 t egeninnsats.
Opptakskrav:
Realfag
Undervisningstid:
2 timer forelesning pr. uke, 4 timer øving pr. uke.
Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): A1 Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: Skriftlig eksamen: Bestått / Ikke bestått