Detaljer om emnet BIN310

BIN310 Utvalgte emner i genomanalyse

English course Information

Søk etter andre emner

Viser emnet slik det undervises i studieåret med start i 2018 .

Emneansvarlige: Lars Gustav Snipen
Medvirkende: Lars Gustav Snipen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Oddetallsår
Undervises på språk: EN, NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
50
Undervises i periode:
Emnet starter i høstparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i høstparallellen.
Første gang: Studieår 2006-2007
Emnets innhold:
Moderne sekvenseringsteknologi, shotgun og amplicon-sekvensering. Assemblering av genomer og metagenomer. Analyser basert på helgenom data. Metagenomstudier og analyser av mikrobielle samfunn. Selv om mange av temaene er hentet fra mikrobiologi, vil de fleste metoder være av mer generell karakter.
Læringsutbytte:

KUNNSKAPER: Forklare bruk av ulike sekvenserings-teknologier til ulike formål og hvordan vi kommer fra "reads" til mer informative sekvenser. Skal kunne skissere et utvalg assemblerings-algoritmer. Ha god teoretisk forståelse for metoder rundt sammenligning og klassifisering av sekvenser. Kunne noen vanlige statistiske metoder for assosiasjonsstudier og anvende disse på reelle data.

FERDIGHETER: Studentene skal kunne anvende elementer av temaene over, til å løse et større problem i en prosjektoppgave i emnet. Kunne implementere algoritmene i R, og benytte dette script-språket på en effektiv måte for å håndtere store datamengder. Studentene skal kunne presentere fagaktuelt materiale, både muntlig og skriftlig.

Læringsaktiviteter:
En dobbeltforelesning ukentlig. En til to dobbelttimer øving per uke på datasal, med veiledning. Øvingene kan også benyttes til ad-hoc-forelesninger over temaer det ønskes utdypning av. Muntlig presentasjon av skriftlig rapport.
Læringsstøtte:
Aktiv bruk av Canvas.
Pensum:
Vil bli spesifisert ved emnets oppstart.
Forutsatte forkunnskaper:
Introduksjon til bioinformatikk tilsvarende BIN210. Statistikk tilsvarende STAT100.
Anbefalte forkunnskaper:
Programmering, samt statistikk utover introduksjons-nivå.
Obligatorisk aktivitet:
Det skal skrives en rapport over et tema som vil bli annonsert ved emnets oppstart. Det skal også holdes en muntlig presentasjon av rapporten.
Vurderingsordning:
Skriftlig eksamen, 3,5 timer, teller 100%
Sensor:
Eksamenen vil godkjennes av en ekstern sensor. Et tilfeldig utvalg på 25 eksamensbesvarelser vil evalueres av ekstern sensor.
Merknader:
Studenter må ha egen laptop til øvinger.
Normert arbeidsmengde:
26 t forelesning. 44 t øvinger med veiledning tilstede. 230 t egeninnsats.
Opptakskrav:
Realfag
Undervisningstid:
2 timer forelesning pr. uke, 4 timer øving pr. uke.
Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): A1Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: Skriftlig eksamen: A - E / Ikke bestått