Detaljer om emnet BIN310

BIN310 Utvalgte emner i genomanalyse

English course Information

Søk etter andre emner

Viser emnet slik det undervises i studieåret med start i 2015 .

Emneansvarlige: Lars Gustav Snipen
Medvirkende: Lars Gustav Snipen, Niklas Mähler
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Oddetalls-år
Undervises på språk: EN, NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
Maksimum 100
Undervises i periode:
Emnet starter i høstparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i høstparallellen, .
Første gang: Studieår 2006-2007
Emnets innhold:
Moderne sekvenserings-teknologi, shotgun og amplicon-sekvensering. Assemblering a genomer, RNAseq-data og metagenomer. Sekvensvarianter (SNP-deteksjon, orthologer, genotyping). Analyser basert på hel-genom data. Metagenomstudier og analyser av mikrobielle samfunn.Selv om mye av temaene er hentet fra mikrobiologi, vil de aller fleste metoder være av en mer generell karakter.
Læringsutbytte:

KUNNSKAPER: Bruk av ulike sekvenserings-teknologier og hvordan vi kommer fra reads til mer informative sekvenser. Skal kunne skissere et utvalg assemblerings-algoritmer. Ha god teoretisk forståelse for metoder rundt sammenligning og klassifisering av sekvenser. Kunne noen vanlige statistiske metoder for assosiasjons-studier og anvende disse på reelle data.

FERDIGHETER: Studentene skal kunne anvende elementer av temaene over, for å løse et større problem i en prosjektoppgave i emnet. Kunne implementere algoritmene i R, og benytte dette script-språket på en effektiv måte for å håndtere store datamengder. Studentene skal kunne presentere fagaktuelt materiale, både muntlig og skriftlig.

Læringsaktiviteter:
En dobbeltforelesning ukentlig. En til to dobbelttimer øving per uke på datasal, med veiledning. Øvingene kan også benyttes til ad-hoc-forelesninger over temaer det ønskes utdypning av. Muntlig presentasjon av skriftlig rapport.
Læringsstøtte:
Aktiv bruk av Fronter.
Pensum:
Vil bli spesifisert ved emnets oppstart.
Forutsatte forkunnskaper:
Introduksjon til bioinformatikk tilsvarende BIN210. Programmering tilsvarende INF120. Statistikk tilsvarende STAT200/STAT210.
Anbefalte forkunnskaper:
Statistikk tilsvarende STAT300 eller STAT310.
Obligatorisk aktivitet:
Det skal skrives en rapport over et tema som vil bli annonsert ved emnets oppstart. Det skal også holdes en muntlig presentasjon av rapporten.
Vurderingsordning:
Skriftlig eksamen, 3,5 timer, teller 100%
Sensor:
Eksamenen vil godkjennes av en ekstern sensor. Et tilfeldig utvalg på 25 eksamensbesvarelser vil evalueres av ekstern sensor.
Merknader:
Studenter må ha egen laptop til øvinger.
Normert arbeidsmengde:
26 t forelesning. 44 t øvinger med veiledning tilstede. 230 t egeninnsats.
Opptakskrav:
Realfag
Undervisningstid:
2 timer forelesning pr. uke, 4 timer øving pr. uke.
Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: Skriftlig eksamen: A - E / Ikke bestått