Course code BIN310

BIN310 Utvalgte emner i mikrobiell genomikk

Emnet kan ha endringer på grunn av koronarestriksjoner. Se Canvas og StudentWeb for info.

English course information

Søk etter andre emner

Viser emneinfo for studieåret 2021 - 2022.

Emneansvarlige: Lars Gustav Snipen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Oddetallsår
Undervises på språk: EN, NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
40
Undervises i periode:
Emnet starter i høstparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i høstparallellen.
Første gang: Studieår 2006-2007
Fortrinnsrett: Ved plassmangel vil studenter som har emnet obligatorisk som del av et studieprogram ved KBM prioriteres.
Emnets innhold:

Moderne sekvenseringsteknologi, shotgun og amplicon-sekvensering. Assemblering og annotering av prokaryote genomer og metagenomer. Simulering av sekvens-data, både Illumina og Nanopore. Analyse av data fra mikrobielle samfunn (readcount-tabeller).

Kompetanse i bioinformatikk kan brukes for bidra til alle bærekraftsmål som innvolerer biologi (helse, mat, natur).

Læringsutbytte:

KUNNSKAPER: Skal kjenne til ideene bak vanlige algoritmer knyttet til prosessering og analyse av sekvensdata. Bli kjent med et UNIX regne-cluster og enkel bruk av shell-scripting. Kjenne til noen vanlige statistiske metoder for metagenomstudier og anvende disse på reelle data gjennom bruk av R og R-pakker.

FERDIGHETER: Studentene skal kunne anvende elementer av temaene over til å løse problemer i  prosjektoppgaver i emnet. Lage enkle script i shell og R og kjøre tyngre analyser på et UNIX regne-cluster. Studentene skal kunne presentere fagaktuelt materiale, både muntlig og skriftlig.

GENERELL KOMPETANSE: Kunne sette seg inn i framtidens pipelines for (meta)genomstudier. Praktisk programmeringskompetanse rettet mot analyse av bio-data.

Læringsaktiviteter:
Emnet baserer seg på en digital plattform bestående av skriftlig materiale i form av en serie markdown-dokumenter og en rekke filmer (screencast). All fysisk undervisning foregår gjennom ukentlige øvingstimer, som brukes til diskusjon og oppklaring rundt oppgaver, samt enkle forelesninger over temaer det ønskes utdypning av. Det avsettes også tid til muntlig presentasjon av prosjekter.
Læringsstøtte:
Aktiv bruk av Canvas.
Pensum:
Vil bli spesifisert ved emnets oppstart.
Forutsatte forkunnskaper:

Introduksjon til bioinformatikk (BIN210) - Litt kjennskap til moderne sekvensering - Grunnleggende om sekvens-sammenstillinger, parvise, multiple, databasesøk (BLAST) - Grunnleggende om fylogeni

Introduksjon til statistikk (STAT100) - Kjennskap til stokastiske variable og parametre - Grunnleggende sannsynlighets-regning, betingede sannsynligheter

Introduksjon til programmering (STIN100) -  Kjenne datatypene numeric, character, logical, factor - Kjenne datastrukturene vector (array), matrise, tabell (tibble/data.frame), liste - Kjenne til konsepter som løkker og funksjoner/metoder

Emnet krever ingen avansert koding, men vi har heller ingen tid til generell opplæring i koding. All koding vil foregå i R eller shell (bash).

Anbefalte forkunnskaper:
Programmering, samt statistikk utover introduksjons-nivå.
Vurderingsordning:
Mappeevaluering. Det blir gitt flere prosjektoppgaver, og alle prosjekter må være bestått for at emnet skal være bestått.
Sensor:
Ekstern sensor vil delta i utforming av prosjektoppgaver, samt evaluere et utvalg
Merknader:
Studenter må ha egen laptop til øvinger.
Normert arbeidsmengde:
70 t med veiledning tilstede. 180 t egeninnsats.
Opptakskrav:
Realfag
Undervisningstid:
6 timer med aktiv undervisning per uke. Dette er en blanding av forelesninger, hands-on øvinger og oppgave-løsning i grupper
Eksamensdetaljer: Mappevurdering: A - E / Ikke bestått