BIN210 Introduksjon i bioinformatikk
English course information
Søk etter andre emner
Velg annet år
Viser emneinfo for studieåret 2021 - 2022.
Emneansvarlige: Torgeir Rhodén Hvidsten, Lars Gustav Snipen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Årlig
Undervises på språk: NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
1000
Undervises i periode:
Emnet starter i vårparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i vårparallellen.
Første gang: Studieår 2004-2005
Fortrinnsrett: B-BIOTEK, M-BIOTEK, M-KB, M-MAT, M-BIAS.
Undervises hvor?: Campus Ås
Emnets innhold:
Introduksjon til sekvenser og databaser. Sekvenssammenstillinger - teori og praksis. Databasesøk - BLAST og liknende verktøy. Modeller for biologiske sekvenser. Fylogeni. Genuttrykksanalyse. Temaene vil gjennomgåes omtrent i denne rekkefølgen, med ukentlige forelesninger og tilhørende praktiske oppgaver på datamaskin. Innsikt i bioinformatikk er med på å øke vår forståelse for den verden vi er en del av og vil bidra til utviklingen av bærekraftige samfunn.
Læringsutbytte:
KUNNSKAPER: Studentene skal få en grunnleggende kunnskap om analyse av biologiske sekvenser i form av sammenstillinger, sekvensmodeller og fylogeni. De skal også ha grunnleggende kunnskap om analyse av genuttrykksdata. De skal kunne gjengi og forklare prinsippene som metodene er bygget på.
FERDIGHETER: Det blir lagt vekt på at studentene kan håndtere vanlig brukte analyseverktøy, inkludert grunnleggende programmering i R, og forstå resultatene som de forskjellige programvarene produserer.
GENERELL KOMPETANSE: Kunne anvende de vanligste bioinformatiske verktøy, samt sette seg inn i og ta i bruk andre liknende verktøy som ikke er gjennomgått i dette emnet.
Læringsaktiviteter:
Forelesninger og praktiske øvelser på datamaskin.
Læringsstøtte:
Notater fra forelesninger vil bli gjort tilgjengelige i Canvas.
Pensum:
Forelesningsnotater, øvelser og utdelt materiale. Lærebok angisved emnets start.
Forutsatte forkunnskaper:
Grunnleggende kunnskaper i molekylærbiologi og statistikk.
Innen statistikk forventes det at studentene skal:
- Kunne utføre deskriptiv statistikk og trekke slutninger fra denne.
- Kjenne grunnleggende begreper og prinsipper innen sannsynlighetsteori med vekt på stokastiske variabler og deres egenskaper.
- Være kjent med noen vanlige sannsynlighetsfordelinger, herunder normalfordelingen, binomisk fordeling, Student’s t-fordeling, f-fordeling og kji-kvadratfordelingen.
- Forstå grunnleggende estimeringsteori, herunder hva som forståes med konfidensintervall, punktestimat, forventningsretthet og standardfeil for en estimator.
- Omformulere enkle situasjonsbeskrivelser og problemstilling(er) til en relevant statistisk modell, og fortolke parameterne i denne.
- Dette gjelder situasjoner som kan dekkes av enkle lineære regresjonsmodeller, enveis variansanalyse eller bivariate analyser.
- Teste de aktuelle problemstillingene ved hjelp av formelle hypoteser, herunder sette opp aktuelle hypoteser, teste disse og gi en fortolkning av resultatet.
- Grunnleggende ferdigheter i R/RStudio
Dette dekkes av STAT100 eller tilsvarende kurs.
Anbefalte forkunnskaper:
Kunnskap i genetikk samt noe statistikk utover grunnivå.
Obligatorisk aktivitet:
Det vil være obligatoriske oppgaver som studentene må levere og få godkjent for å kunne gå opp til eksamen.
Vurderingsordning:
Skriftlig slutteksamen (teller 100%).
Sensor:
Ekstern sensor evaluerer eksamensoppgavene og retter 25 utvalgte besvarelser.
Normert arbeidsmengde:
Forelesninger: 28 timer. Øvelser: 56 timer. Selvstudium: 166 timer.
Opptakskrav:
Realfag
Undervisningstid:
2 timer forelesning per uke, 2 timer øvelser per uke.
Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): A1 Ingen kalkulator, ingen andre hjelpemidler
Eksamensdetaljer: Skriftlig eksamen: Bokstavkarakterer