Course code BIN210

BIN210 Introduksjon i bioinformatikk

Emnet kan ha endringer på grunn av koronarestriksjoner. Se Canvas og StudentWeb for info.

English course information

Søk etter andre emner

Viser emneinfo for studieåret 2021 - 2022.

Emneansvarlige: Torgeir Rhodén Hvidsten, Lars Gustav Snipen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Årlig
Undervises på språk: NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
1000
Undervises i periode:
Emnet starter i vårparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i vårparallellen.
Første gang: Studieår 2004-2005
Fortrinnsrett: B-BIOTEK, M-BIOTEK, M-KB, M-MAT, M-BIAS.
Emnets innhold:
Introduksjon til sekvenser og databaser. Sekvenssammenstillinger - teori og praksis. Databasesøk - BLAST og liknende verktøy. Modeller for biologiske sekvenser. Fylogeni. Genuttrykksanalyse. Temaene vil gjennomgåes omtrent i denne rekkefølgen, med ukentlige forelesninger og tilhørende praktiske oppgaver på datamaskin. Innsikt i bioinformatikk er med på å øke vår forståelse for den verden vi er en del av og vil bidra til utviklingen av bærekraftige samfunn.
Læringsutbytte:

KUNNSKAPER: Studentene skal få en grunnleggende kunnskap om analyse av biologiske sekvenser i form av sammenstillinger, sekvensmodeller og fylogeni. De skal også ha grunnleggende kunnskap om analyse av genuttrykksdata. De skal kunne gjengi og forklare prinsippene som metodene er bygget på.

FERDIGHETER: Det blir lagt vekt på at studentene kan håndtere vanlig brukte analyseverktøy, inkludert grunnleggende programmering i R, og forstå resultatene som de forskjellige programvarene produserer.

GENERELL KOMPETANSE: Kunne anvende de vanligste bioinformatiske verktøy, samt sette seg inn i og ta i bruk andre liknende verktøy som ikke er gjennomgått i dette emnet. 

Læringsaktiviteter:
Forelesninger og praktiske øvelser på datamaskin.
Læringsstøtte:
Notater fra forelesninger vil bli gjort tilgjengelige i Canvas.
Pensum:
Forelesningsnotater, øvelser og utdelt materiale. Lærebok angisved emnets start.
Forutsatte forkunnskaper:

Grunnleggende kunnskaper i molekylærbiologi og statistikk.

Innen statistikk forventes det at studentene skal:

  • Kunne utføre deskriptiv statistikk og trekke slutninger fra denne.  
  • Kjenne grunnleggende begreper og prinsipper innen sannsynlighetsteori med vekt på stokastiske variabler og deres egenskaper.  
  • Være kjent med noen vanlige sannsynlighetsfordelinger, herunder normalfordelingen, binomisk fordeling, Student’s t-fordeling, f-fordeling og kji-kvadratfordelingen.  
  • Forstå grunnleggende estimeringsteori, herunder hva som forståes med konfidensintervall, punktestimat, forventningsretthet og standardfeil for en estimator.  
  • Omformulere enkle situasjonsbeskrivelser og problemstilling(er) til en relevant statistisk modell, og fortolke parameterne i denne.  
  • Dette gjelder situasjoner som kan dekkes av enkle lineære regresjonsmodeller, enveis variansanalyse eller bivariate analyser. 
  • Teste de aktuelle problemstillingene ved hjelp av formelle hypoteser, herunder sette opp aktuelle hypoteser, teste disse og gi en fortolkning av resultatet. 
  • Grunnleggende ferdigheter i R/RStudio

Dette dekkes av STAT100 eller tilsvarende kurs.

Anbefalte forkunnskaper:
Kunnskap i genetikk samt noe statistikk utover grunnivå.
Obligatorisk aktivitet:
Det vil være obligatoriske oppgaver som studentene må levere og få godkjent for å kunne gå opp til eksamen.
Vurderingsordning:
Skriftlig slutteksamen (teller 100%).
Sensor:
Ekstern sensor evaluerer eksamensoppgavene og retter 25 utvalgte besvarelser.
Normert arbeidsmengde:
Forelesninger: 28 timer. Øvelser: 56 timer. Selvstudium: 166 timer.
Opptakskrav:
Realfag
Undervisningstid:
2 timer forelesning per uke, 2 timer øvelser per uke.
Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): A1 Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: Skriftlig eksamen: A - E / Ikke bestått