Samarbeid om EU-prosjekter på tvers av fagmiljøer ved NMBU

Forskningsprosjektene sorterer under EUs Horizon 2020-paraply. De har fått navnene HoloRuminant og 3D-omics. 

– Begge prosjektene driver med forskning i det nye fagfeltet hologenomics. Her studeres vert (ku, gris, sau) og samfunnet av mikrober som lever på og i verten, som ett, holistisk system, forklarer Torgeir Hvidsten.

Forskerne skal blant annet se på hvordan slike systemer endrer seg når man bruker fôr laget av ulike ingredienser, gjennom å generere store genomikk-datasett og analysere disse.

Felles innsats i praksis

Det er mye å hente på at forskere fra ulike fagmiljøer ved NMBU samarbeider.

– BIOVIT og SHF er gode på husdyr (verten), og på KBM er vi gode på mikrobiota, fôr-ingredienser og datanalyse, forteller Hvidsten.

– Vi er veldig glade for denne typen samarbeid med andre fakulteter og sentre ved NMBU, sier KBM-dekan Sigrid Gåseidnes.

– Samspill og fellesskap er én av NMBUs definerte verdier og her ser vi virkelig gode eksempler på hvordan ulike fagmiljøer er med på å spille hverandre gode. Dette er «Felles innsats for en bærekraftig fremtid» i praksis, sier hun.  

Også BIOVIT-dekan Kari Kolstad er glad for samarbeidet:

– Vår jobb som dekaner og senterledere er å legge til rette for samarbeid mellom dyktige folk på tvers av fakultetene på NMBU. Slik får vi til de virkelige store faglige satsningene som setter NMBU på kartet. Disse prosjektsamarbeidene er eksempler på dette. Og flere vil det bli med våre dyktige forskere i kombinasjon med løsningsorienterte dekaner!

Tverrfaglig forskning

3D-omics koordineres ved KBM og HoloRuminant ved BIOVIT.

– Ettersom vi allerede er fordelt på flere fakulteter, har vi et godt grunnlag for en tverrfaglig struktur på forskning og organisering, sier Phil Pope, førsteamanuensis ved BIOVIT og leder for MEMO-gruppen (Microbial Ecology and Meta-Omics). Han jobber for øvrig også 20 prosent ved KBM, hvor han er del av forskningsgruppen PEP - The Protein Engineering and Proteomics Group.

Flere NMBU-prosjekter tilknyttet forskningsgruppene MEMO og PEP skal også kobles opp mot EU-prosjektene. Det gjelder blant annet Live Heldal Hagens SeaCow og Phil Popes SuPAcow, som vil samarbeide med HoloRuminant-prosjektet. KBMs ledende kompetanse og infrastruktur innen metaproteomikk, som både NMBU og NFR har investert i, er viktig for disse prosjektene.

MEMO-gruppen består allerede av forskere på tvers av flere fakulteter og fagmiljøer ved NMBU, og har en tverrfaglig tilnærming til å studere mikrobiomer i fordøyelsessystemer.  

Langsiktig forskningssamarbeid

– Ekte, multi-disiplinært samarbeid er nødvendige for å håndtere de store spørsmålene, som å forstå, observere og manipulere komplekse mikrobiomer som påvirker produksjonsdyr. Dette inkluderer for eksempel grunnleggende mikrobiologi og fysiologi, molekylær mikrobiologi, analytisk kjemi, husdyrhold og ernæring, bioinformatikk og biostatistikk. Denne helhetlige tilnærming var en svært viktig del av prosjektsøknaden, sier Pope.

Han forteller at arbeidet med EU-prosjektene bygger på flere år med forskningssamarbeid.

– De siste fire årene har Torgeir Hvidsten, Simen Sandve og jeg jobbet sammen om å utvikle arbeidet vårt i “holo-genomics”-feltet.

– Vi har fokusert på å integrere omic-data hentet fra verts-mikrobiomer, som vi nå kan se på som en serie dynamiske koblinger mellom vertens arvemateriale, mikrobiomets funksjoner, påvirkninger mellom verten og miljøet, og vertens genetiske egenskaper, sier Pope.  

Om prosjektene

HoloRuminant: Understanding microbiomes of the ruminant holobiont

  • Prosjektet ledes av det franske National Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRAE) og har hele 24 deltagere fra universiteter og forskningsinstitutter over hele Europa.
  • Totalbudsjett: 10 895 021 Euro
  • Prosjektperiode: 1. oktober 2021 – 30. september 2026

Deltagere fra NMBU:

Om prosjektet HoloRuminant

Målet med prosjektet er å belyse rollen til mikrobiomer relatert til drøvtyggere, og deres samspill med verten tidlig i livet og gjennom grunnleggende livshendelser. HoloRuminant vil bruke en helhetlig multi-omics tilnærming for å karakterisere etableringen og utviklingen av mikrobiomer fra forskjellige steder på kroppen til verten, deres arvelighet og deres påvirkning på vertens motstandsdyktighet mot sykdom og effektivitet i produksjonen. NMBU vil lede arbeidet med å karakterisere vertsrelatert mikrobiota (via deres genom, transkripsjon og proteom) på tvers av ulike livsstadier, håndteringspraksis og helse/sykdomstilstander.

3D-omics: Three-dimensional holo’omic landscapes to unveil host-microbiota interactions shaping animal production

  • Prosjektet ledes av Københavns Universitet 
  • Totalbudsjett: 10 073 540 Euro
  • Prosjektperiode: 1. september 2021 – 31. august 2025 

Deltagere fra NMBU:

Om prosjektet 3D-omics

I 3D'omics vil vi utvikle, optimalisere og for første gang implementere tredimensjonal (3D) konformasjon av biomolekyler, celler og vev for å fremme forståelsen av biomolekylære interaksjoner i dyreproduksjon. Ved hjelp av to jordbaserte produksjonssystemer, nemlig fjærfe og svin, vil vi analysere effekten av et utall faktorer, inkludert dyreutvikling, kosthold, eksponering for patogener og ledelsespraksis, i formingen av "3D'omic landskaper". NMBU vil lede Ernæringsmessige utfordringer hos svin (WP7) og Tekniske sammenligninger mellom 3D'omic og konvensjonell mikrobiomeanalyse (WP9).

Eksempler på andre prosjekter innen “holo-omics”:

ImprovAFish (Havbruk og ERA-Net)

  • SuPAcow (Nordisk Novo Foundation)
  • Disse omfatter arbeid og infrastruktur på tvers av flere fakulteter og forskningsgrupper, som BIAS, MEMO, CIGENE, PEP og rumen nutrition.
  • Kritisk infrastruktur inkluderer
    • Metaproteomics-plattformen
    • ORION (high performance computing cluster
    • Sekvenseringsplattformen ved CIGENE (Oxford Nanopore PromethION).
Published 8. november 2021 - 8:49 - Updated 9. november 2021 - 12:42