Enige om standard for testing av datasimuleringer av stoffskiftet

  • Laks
    Foto
    Shutterstock

Et bredt spekter av internasjonale forskere er nå enig om en felles standard for matematiske datasimuleringer av stoffskiftet hos ulike organismer. Det går fram i en artikkel nylig publisert i Nature Biotechnology.

Enige om standard for testing av datasimuleringer av stoffskiftet

- At vi nå har blitt enige om en felles standard for slik testing, gjør at det blir lettere å sammenligne modeller, både med hverandre, og med ulike organismer i virkeligheten. Dermed blir det også lettere å stole på modellene, som er viktig i digitaliseringen av biologisk kunnskap for å forbedre produksjonsbiologi så som fiskeoppdrett, sier NMBU-forsker Jon Olav Vik. Han er en av medforfatterne på artikkelen i Nature Biotechnology, og leder for prosjektet "den digitale laksen" innenfor det nasjonale konsortiet for bioteknologi, Senter for Digitalt Liv Norge.

Nature Biotechnology-artikkelen handler om et testsystem for matematiske datasimuleringer av stoffskiftet hos ulike organismer. Testsystemet kalles Memote, som står for metabolic model testing

Digitale verktøy i forskning på fiskeoppdrett

Memote brukes allerede ved NMBU i et prosjekt som forsker på laks og laksefôr. Her brukes digitale verktøy for å samle inn og analysere store mengder data, eksperimentelle resultater og matematiske prediksjoner. Målene er blant annet å bidra til en bedret fiskeoppdrett, mer målrettet utvikling av nytt og bærekraftig fiskefôr, og miljøovervåkning i havet.

- I digital laks-prosjektet bruker vi Memote til å dokumentere at våre modeller stemmer med laksens virkelighet når det gjelder hva den kan fordøye, hvilke biomolekyler den kan bygge opp, osv. Dette er viktig når man skal prøve ut nye fôringredienser, slik f.eks. våre kolleger i NMBU-prosjektet Foods of Norway forsker på, sier Vik.

- Faktisk lager vi testene før vi lager modellen, slik at testsamlingen utgjør en spesifikasjon av hva laksen "kan" så langt vi kjenner til. Så forsøker vi å fikse bugs: få modellen til å klare det laksen kan, og ikke klare ting som laksen ikke kan.

Den nye, felles standarden for matematiske datasimuleringer av stoffskiftet hos ulike organismer utvikles av en verdensledende forskergruppe, med oppslutning fra store, internasjonale forskergrupper. Standarden gjør det lettere for forskere verden over å snakke samme språk.

Relatert innhold
Nyskapende samarbeid for mer bærekraftig oppdrett

Nyskapende samarbeid for mer bærekraftig oppdrett

En ny arbeidsgruppe bestående av industriselskaper, forskere og innovasjonsklynger skal videreutvikle en kunnskapsbase med digitale modeller av laksekroppen. På sikt kan det gi en mer bærkraftig oppdrettsnæring.

 

Bli med på en digital fisketur

Bli med på en digital fisketur

Norske forskere bruker digitale verktøy for å løse store utfordringer innen oppdrettsnæringen. Kanskje kan de også oppdage hvordan det er å være en fisk?

Digitaliserer kunnskap om laksens kropp for å optimalisere vekst og sykdomsmotstand

Digitaliserer kunnskap om laksens kropp for å optimalisere vekst og sykdomsmotstand

NMBU-ledet forskningsprosjekt skal gjøre oppdrettsnæringa mer effektiv, bærekraftig og omstillingsdyktig gjennom å digitalisere kunnskap om hvordan laksekroppen virker.

Published 3. mars 2020 - 9:50 - Updated 3. mars 2020 - 10:15