Course code KJB310

KJB310 Proteinkjemi

English course information

Søk etter andre emner

Viser emneinfo for studieåret 2018 - 2019.

Emneansvarlige: Gustav Vaaje-Kolstad
Medvirkende: Vincentius Gerardus Henricus Eijsink, Lars Skjeldal, Trine Øye Isaksen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Årlig
Undervises på språk: EN, NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
55
Undervises i periode:
Emnet starter i høstparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i høstparallellen.
Første gang: Studieår 2004-2005
Emnets innhold:

Forelesningene starter 4-6 uker før øvingene på datasal, for å gi det teoretiske grunnlaget. Øvinger en hel dag pr. uke med en til to lærere tilstede. Øvingene er avgjørende for forståelsen av emnet, så det anbefales på det sterkeste at studentene deltar aktivt på disse.

Grunnleggende kunnskaper i bioinformatikk og databruk er en fordel. De som ikke har dette kan benytte et tidligere innføringskurs i bioinformatikk som ligger i arkivet i Canvas.

Det presiseres at kurset er på masternivå, og krever modenhet og evne til å arbeide selvstendig i faget ved bruk av datamaskin og internett.

Læringsutbytte:

Etter å ha gjennomført KJB310 Proteinkjemi skal du:

  • Ha grunnleggende kunnskap om proteinenes byggesteiner og struktur.
  • Inneha forståelse av hvilken betydning proteinenes struktur har for deres stabilitet og biologiske aktivitet, og hvordan de kan strukturbestemmes.
  • Kunne forstå og bruke for de vanligste bioinformatiske metoder som brukes til å studere proteiners struktur og funksjonalitet.
  • Kunne gjengi beskrivelse av ulike typer proteiner og deres biologiske funksjon.
  • Forstå proteinfolding og proteinenes betydning for sykdom.
  • Kunne forklar hvordan enzymer katalyserer reaksjoner og hvordan det kan  måles (enzymologi).
  • Kunne gjøre rede for hvordan man kan forbedre/ endre egenskapene til proteiner med metoder som "protein engineering" og "directed evolution".

Kurset inneholder også seks dager med praktisk oppgaveløsning innen proteinbioinformatikk. Her vil studentene lære å analysere proteinsekvenser og tredimensjonale proteinstrukturer. Verktøyene som benyttes er de samme som benyttes av forskere verden over. Det vil være fokus på programvaren «PyMol» som benyttes til å visualisere og analysere proteinstrukturer. Studentene vil lære å identifisere funksjonelle områder i proteinstrukturer, samt å visualisere dette med gode informative bilder og animasjoner.

Studentene skal lære hvordan man forbereder og presenterer teknisk og vitenskapelig informasjon. De vil lære seg å tenke kritisk og løse komplekse problemer, i tillegg til å tolke aktuell forskningslitteratur.

Læringsaktiviteter:
  • Forelesninger, noen med innlagte gruppeoppgaver.
  • Ukentlige øvinger, hvor studentene arbeider parvis på datamaskin, med bruk av databaser og analyseverktøy på internett og lokalt.
  • Obligatorisk semesteroppgave hvor flere type oppgaver blir tilbudt.
Læringsstøtte:
  • En eller flere spørretimer like før eksamen.
  • To medlemmer av lærerstaben er tilgjengelig på alle øvelsesdagene.
  • Forelesningene (ppt-filer) vil være tilgjengelige i Canvas.
  • Samarbeid med Vitenparken for bruk av haptiske læringsverktøy (3D visualisering kombinert med "force feedback" utstyr)
Pensum:
  • Arthur M. Lesk: Introduction to Protein Science, Oxford University Press, tredje utgave, 2016.
  • Forelesninger
  • Kurshefte
  • Semesteroppgave
Forutsatte forkunnskaper:
Biokjemi tilsvarende KJB200.
Anbefalte forkunnskaper:
Bioinformatikk tilsvarende BIN210.  Biokjemi lab. tilsvarende KJB201.
Obligatorisk aktivitet:
  • Godkjent semesteroppgave
Vurderingsordning:
Skriftlig eksamen, 3,5 timer, teller 100 %.
Sensor:
Ekstern sensor godkjenner eksamensoppgavene og retter minimum 25 utvalgte besvarelser.
Normert arbeidsmengde:
Forelesning: 35 t. Øving: 60 t. Selvstudium 205 t.
Opptakskrav:
Realfag
Overlapp:
Det er noe overlapp med BIN210 (bioinformatikk), men dette gir ikke studiepoengreduksjon.
Undervisningstid:

Per normal uke:

4 t forelesning 8 t øving.

Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): A1 Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: En skriftlig eksamen: A - E / Ikke bestått