Course code KJB310

KJB310 Proteinkjemi

English course information

Søk etter andre emner

Viser emneinfo for studieåret 2017 - 2018.

Emneansvarlige: Gustav Vaaje-Kolstad
Medvirkende: Vincentius Gerardus Henricus Eijsink, Lars Skjeldal, Trine Øye Isaksen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Årlig
Undervises på språk: EN, NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
55
Undervises i periode:
Emnet starter i høstparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i høstparallellen.
Første gang: Studieår 2004-2005
Undervises hvor?: Campus Ås
Emnets innhold:

Forelesningene starter 4-6 uker før øvingene på datasal, for å gi det teoretiske grunnlaget. Øvinger en hel dag pr. uke med en til to lærere tilstede. Øvingene er avgjørende for forståelsen av emnet, så det anbefales på det sterkeste at studentene deltar aktivt på disse.

Grunnleggende kunnskaper i bioinformatikk og databruk er en fordel. De som ikke har dette kan benytte et tidligere innføringskurs i bioinformatikk som ligger i arkivet i Canvas.

Det presiseres at kurset er på masternivå, og krever modenhet og evne til å arbeide selvstendig i faget ved bruk av datamaskin og internett.

Læringsutbytte:
  • Grunnleggende kunnskap om proteinenes byggesteiner og struktur.
  • Gi forståelse av hvilken betydning proteinenes struktur har for deres stabilitet og biologiske aktivitet, og hvordan de kan strukturbestemmes.
  • Forståelse for de vanligste bioinformatiske metoder som brukes til å studere proteiners struktur og funksjonalitet.
  • Gjennomgang av ulike typer proteiner og deres biologiske funksjon.
  • Proteinfolding og proteinenes betydning for sykdom.
  • Enzymologi.
  • Protein engineering og "directed evolution".
  • Formidling av informasjon med "digital storytelling"

Kurset inneholder også seks dager med praktisk oppgaveløsning innen proteinbioinformatikk. Her vil studentene lære å analysere proteinsekvenser og tredimensjonale proteinstrukturer. Verktøyene som benyttes er de samme som benyttes av forskere verden over. Det vil være fokus på programvaren «PyMol» som benyttes til å visualisere og analysere proteinstrukturer. Studentene vil lære å identifisere funksjonelle områder i proteinstrukturer, samt å visualisere dette med gode informative bilder og animasjoner.

Studentene skal lære hvordan man forbereder og presenterer teknisk og vitenskapelig informasjon. En obligatorisk oppgave vil være å lage en digital fortelling om et gitt tema. De vil lære seg å tenke kritisk, og løse komplekse og multidisiplinære problemer, i tillegg til å tolke aktuell forskningslitteratur.

Læringsaktiviteter:
  • Forelesninger, noen med innlagte gruppeoppgaver.
  • Ukentlige øvinger, hvor studentene arbeider parvis på datamaskin, med bruk av databaser og analyseverktøy på internett og lokalt.
  • Bruk av "digital storytelling" for formidling av et relevant proteinkjemisk tema. Filmene/ historiene vises i et obligatorisk seminar mot slutten av semesteret.
Læringsstøtte:
  • En eller flere spørretimer like før eksamen.
  • To medlemmer av lærerstaben er tilgjengelig på alle øvelsesdagene.
  • Forelesningene (ppt-filer) vil være tilgjengelige i Canvas.
  • Samarbeid med Vitenparken for bruk av haptiske læringsverktøy (3D visualisering kombinert med "force feedback" utstyr)
  • Tilgang til læringssenteret for hjelp til "digital storytelling"
Pensum:
  • Arthur M. Lesk: Introduction to Protein Science, Oxford University Press, tredje utgave, 2016.
  • Forelesninger
  • Kurshefte
  • Seminar
Forutsatte forkunnskaper:
Biokjemi tilsvarende KJB200.
Anbefalte forkunnskaper:
Bioinformatikk tilsvarende BIN210.  Biokjemi lab. tilsvarende KJB201.
Obligatorisk aktivitet:
  • Laging og fremvisning av digital historie om et oppgitt tema.
Vurderingsordning:
Skriftlig eksamen, 3,5 timer, teller 100 %.
Sensor:
Ekstern sensor godkjenner eksamensoppgavene og retter minimum 25 utvalgte besvarelser.
Normert arbeidsmengde:
Forelesning: 35 t. Øving: 60 t. Selvstudium 205 t.
Opptakskrav:
Realfag
Overlapp:
Det er noe overlapp med BIN210 (bioinformatikk), men dette gir ikke studiepoengreduksjon.
Undervisningstid:

Per normal uke:

4 t forelesning 8 t øving.

Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): A1 Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: En skriftlig eksamen: A - E / Ikke bestått