Detaljer om emnet KJB310

KJB310 Proteinkjemi

Emnet kan ha endringer på grunn av koronautbruddet. Sjekk Canvas og studentWeb.

English course Information

Søk etter andre emner

Viser emnet slik det undervises i studieåret med start i 2020 .

Emneansvarlige: Gustav Vaaje-Kolstad
Medvirkende: Vincentius Gerardus Henricus Eijsink
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Årlig
Undervises på språk: EN, NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
55
Undervises i periode:
Emnet starter i høstparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i høstparallellen.
Første gang: Studieår 2004-2005
Emnets innhold:

Emnet "proteinkjemi" gir en grundig gjennomgang av hvordan proteiner fungerer og har utviklet seg, hvordan vi kan studere proteiner og hvilken betydning proteiner har for levende organismer og samfunnet. Disse temaene belyses ved gjennomgang av 

  • de grunnleggende bestanddelene av proteiner
  • hvordan proteiner kan modifiseres etter translasjon
  • ulike metoder for å studere proteiner (med spesielt fokus på metoder som brukes til å bestemme proteiners 3D-struktur)
  • bruk av bioinformatiske metoder til proteinstudier
  • hvordan proteiner kan katalysere kjemiske reaksjoner (struktur, kinetikk og reaksjonsmekanismer)
  • protein-protein interaksjoner
  • evolusjon og utvikling av proteiner og deres egenskaper
  • sykdommer relatert til proteiner og mekanismene involvert
  • hvordan proteiner folder og oppnår sin tredimensjonale struktur
  • hvordan vi kan studere proteiner i en større sammenheng (systembiologi, proteomikk)

Det vil også jobbes med hvilke konsekvenser vår viten om proteiner har hatt for samfunnet per dags dato og for hvordan denne kunnskapen kan være med å prege fremtiden. Dette er koblet mot FNs bærekraftsmål, blant annet gjennom betydningen proteinvitenskap har for god helse, ren energi, innovasjon, stopp av klimaendringene og liv på land og under vann.

Forelesningene starter 4-6 uker før øvingene på datasal, for å gi det teoretiske grunnlaget. Øvinger en hel dag pr. uke med en til to lærere tilstede. Øvingene er avgjørende for forståelsen av emnet, så det anbefales på det sterkeste at studentene deltar aktivt på disse.

Grunnleggende kunnskaper i bioinformatikk og databruk er en fordel.

Det presiseres at kurset er på masternivå, og krever modenhet og evne til å arbeide selvstendig i faget ved bruk av datamaskin og internett.

Kurset inneholder også seks dager med praktisk oppgaveløsning innen proteinbioinformatikk. Her vil studentene lære å analysere proteinsekvenser og tredimensjonale proteinstrukturer. Verktøyene som benyttes er de samme som benyttes av forskere verden over. Det vil være fokus på programvaren «PyMol» som benyttes til å visualisere og analysere proteinstrukturer. Studentene vil lære å identifisere funksjonelle områder i proteinstrukturer, samt å visualisere dette med gode informative bilder og animasjoner.

Studentene skal lære hvordan man forbereder og presenterer teknisk og vitenskapelig informasjon. De vil lære seg å tenke kritisk og løse komplekse problemer, i tillegg til å tolke aktuell forskningslitteratur.

Læringsutbytte:

Etter gjennomføring av KJB310 proteinkjemi skal kandidaten ha følgende læringsutbytte:

Kunnskap

En student som har gjennomført og bestått KJB310 

  • Har dyp kunnskap om proteinenes byggesteiner og struktur.
  • Innehar forståelse av hvilken betydning proteiners struktur har for deres stabilitet og biologiske aktivitet, og hvordan de kan strukturbestemmes.
  • Forstår bakgrunnen og bruksområdet for de vanligste bioinformatiske metoder som brukes til å studere proteiners struktur og funksjonalitet.
  • Har dyp kunnskap om ulike typer proteiner og deres biologiske funksjoner.
  • Har god forståelse av hvordan proteiner har utviklet sine egenskaper over gjennom evolusjon og hvordan nye egenskaper utvikles.
  • Forstår hvordan proteiner oppnår sine tredimensjonale struktur (proteinfolding) og hva slags rolle proteiner spiller i ulike sykdommer.
  • Forstår samspillet mellom proteiner (protein-protein interaksjoner), hvordan dette kan undersøkes og hvordan dette påvirker protein funksjon.
  • Forstår hvordan enzymer katalyserer reaksjoner, hvordan slike reaksjoner kan måles og hvordan resultatene kan analyseres (enzymologi).
  • Forstår og kan gjøre rede for hvordan man kan forbedre/ endre egenskapene til proteiner med metoder som "protein engineering" og "directed evolution".
  • Har en god oversikt og forståelse av hvilke eksperimentelle metoder som benyttes for å analysere både protein funksjon og struktur .
  • Har innsikt i hvilken betydning fagfeltet proteinkjemi/proteinvitenskap har hatt for samfunnet, hvordan det vil kunne prege sammfunnet i fremtiden, spesielt med tanke på aktuelle bærekraftsmål.

Ferdigheter

En student som har gjennomført og bestått KJB310

  • Kan finne funksjonell informasjon om en proteinsekvens ved bruk av bioinformatiske metoder.
  • Kan utlede funksjonell informasjon om et protein ved analyse av proteinets tredimensjonale struktur.
  • Kan lage gode og informative figurer av proteinstrukturer og sekvenssammenstillinger
  • Kan skrive en illustrert vitenskaplig tekst ELLER lage en digital historie om et oppgitt tema innen proteinkjemi.
  • Kan lese, forstå og kritisk vurdere vitenskapelige artikler innen fagfeltet.

Generell kompetanse

Når man har gjennomført og bestått KJB310 Proteinkjemi

  • Har man tilegnet seg dybdeforståelse av hvordan proteiner fungerer og kan reflektere rundt  blant annet 1) hvordan proteiner påvirker alle former av liv 2) hvordan proteiners funksjon har utviklet seg 3) hvordan man kan utvikle og bruke proteiner til samfunnstjenlige formål 4) hvilke roller proteiner spiller i sykdom.
  • Har man utviklet en dømmekraft for kritisk tolkning av vitenskaplige artikler publisert innen fagfeltet.
  • Er man bevisst fallgruvene innen bioinformatiske analyser av proteinsekvenser.
  • Kan man bidra konstruktivt og kreativt i faglige diskusjoner, møter o.l. innen proteinkjemi.
Læringsaktiviteter:
  • Forelesninger, noen med innlagte gruppeoppgaver.
  • Ukentlige øvinger, hvor studentene arbeider parvis på datamaskin, med bruk av databaser og analyseverktøy på internett og lokalt.
  • Obligatorisk semesteroppgave som enten består av å skrive en artikkel for Store Norske Leksikon eller lage en digital historie om et valgt tema.
Læringsstøtte:
  • En eller flere spørretimer like før eksamen.
  • To medlemmer av lærerstaben er tilgjengelig på alle øvelsesdagene.
  • Forelesningene (ppt-filer) vil være tilgjengelige i Canvas.
Pensum:
  • Arthur M. Lesk: Introduction to Protein Science, Oxford University Press, tredje utgave, 2016.
  • Forelesninger
  • Kurshefte
  • Semesteroppgave
Forutsatte forkunnskaper:
Biokjemi tilsvarende KJB200.
Anbefalte forkunnskaper:
Bioinformatikk tilsvarende BIN210.  Biokjemi lab. tilsvarende KJB201.
Obligatorisk aktivitet:
  • Godkjent semesteroppgave
Vurderingsordning:
Skriftlig eksamen, 3,5 timer, teller 100 %.
Sensor:
Ekstern sensor godkjenner eksamensoppgavene og retter minimum 25 utvalgte besvarelser.
Normert arbeidsmengde:
Forelesning: 35 t.Øving: 60 t.Selvstudium 205 t.
Opptakskrav:
Realfag
Overlapp:
Det er noe overlapp med BIN210 (bioinformatikk), men dette gir ikke studiepoengreduksjon.
Undervisningstid:

Per normal uke:

4 t forelesning 8 t øving.

Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): A1 Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: En skriftlig eksamen: A - E / Ikke bestått