BIO322 Avanserte emner i genomikk

Kurset er delt inn i fire hovedmoduler:

1. Genomisk evolusjon mellom arter
2. Genomisk variasjon mellom individer
3. Genomisk regulering innenfor et individ
4. Forskningsprosjekt (gruppearbeid)

Hver modul består av en kombinasjon av teoretiske forelesninger og praktiske øvelser hver uke.

På slutten av hver av de tre første modulene er det en quiz på Canvas, som kan tas flere ganger. Studentene må oppnå minst 80 % for å bestå hver modul.

I Modul 4 vil studentene arbeide i grupper for å utvikle en forskningsprosjektforslag. Dette inkluderer en presentasjon hvor de får tilbakemelding, samt innlevering av en skriftlig rapport.

BIO210 og/eller BIO200.

Dette kurset forutsetter grunnleggende kunnskap i molekylærbiologi og genetikk, inkludert DNA, RNA og proteiners struktur og funksjon, samt grunnleggende prinsipper for genetisk arv og mutasjoner. Grunnleggende statistikkforståelse, inkludert sannsynlighetsfordelinger og p-verdier, er nødvendig. Grunnleggende bioinformatikkferdigheter i R kreves.

Oppmøte påvirker ikke vurderingen, men det forventes at studentene deltar jevnlig for å holde seg oppdatert på undervisningsinnhold og beskjeder.

Gruppesamarbeid starter tidlig, så studenter bør registrere seg for emnet så snart som mulig.

Evaluering

Evalueringen vil være basert på gruppepresentasjoner og gruppearbeid (Modul 4) mot slutten av kurset. Studentene vil bli tilfeldig plassert i grupper og skal utarbeide et hypotetisk forskningsprosjekt ved å anvende teorier og metoder de har lært gjennom kurset. Disse prosjektene vil bli presentert i de siste ukene av kurset.

Lengde og detaljnivå

Den anbefalte lengden for rapporten er 2-3 sider. Selv om mindre avvik ikke vil føre til automatisk trekk, oppfordres studentene til å være konsise og holde seg innenfor denne rammen. Å skrive mer vil ikke nødvendigvis forbedre vurderingen; i stedet er klarhet og effektiv kommunikasjon av ideer det viktigste.

Studentene må samarbeide med gruppen sin for å identifisere et relevant og engasjerende forskningsspørsmål. De kan velge et spørsmål fra en gitt liste eller foreslå sitt eget. Det er viktig at alle gruppemedlemmer er motiverte for det valgte temaet. Mulige fokusområder inkluderer, men er ikke begrenset til, helse, bærekraft, bevaring, evolusjon, presisjonsavl, ny teknologi og grunnleggende biologisk forskning innen genomikk.

Når det gjelder detaljnivå, bør studentene sørge for at forslaget er spesifikt og godt strukturert. En klart definert hypotese gjør det lettere å utforme metoder og strukturere forskningen. For eksempel:

• Vag hypotese: "Genetiske og ikke-genetiske faktorer bidrar til sykdomsresistens hos planter."
• Spesifikk hypotese: "Transposon-elementer i hvete-genomet øker mottakeligheten for rustsykdom."

For Materialer og Metoder-delen er det ikke nødvendig å gjennomføre faktiske eksperimenter, men studentene må legge frem en klar plan for hvordan de nødvendige dataene skal hentes inn eller genereres. Dette innebærer å spesifisere arter, populasjoner, egenskaper og vevstyper som er relevante for studien. I tillegg må studentene avgjøre om de nødvendige dataene allerede finnes i eksisterende databaser. Dersom slike datasett finnes, bør spesifikke databaser nevnes. Hvis data ikke er tilgjengelige, må studentene beskrive hvordan de ville ha designet eksperimenter for å samle inn den nødvendige informasjonen. For eksempel:

• Hvordan ville prøvene blitt samlet inn? Hvorfra og hvor mange?
• Hvilke metoder ville blitt brukt for å måle eller analysere egenskaper?
• Hvordan ville dataene blitt behandlet og analysert for å adressere hypotesen?

Tilsvarende bør delen om Forventede resultater og tolkning inkludere både forventede utfall som støtter hypotesen og alternative utfall som ikke støtter den. Studentene bør diskutere potensielle biologiske mekanismer som forklarer funnene og, i tilfelle uventede resultater, hvordan de ville justere tolkningene sine.

Dette prosjektet er utformet for å etterligne strukturen til en PhD-/Master-søknad eller en forskningsfinansieringssøknad. Derfor bør studentene tilnærme seg oppgaven med en konseptuell forståelse av hvordan forskning blir designet og begrunnet.

1. Ukentlige oppgaver (Modul 1 - 3)

Hver uke må studentene levere gruppebaserte øvelser på Canvas. Målet er ikke perfeksjon, men engasjement og innsats. Studentene oppfordres til å gjennomføre øvelsene så godt de kan. Dersom de møter utfordringer, kan de inkludere kommentarer som: "Vi kom så langt, men forstår ikke helt dette." eller "Vi støtte på denne feilen." Slike innleveringer vil ikke bli straffet for å være ufullstendige, så lenge det er tydelig at en innsats er gjort. Modellsvar vil bli tilgjengelig etter fristen, slik at studentene kan sammenligne sitt arbeid og identifisere områder for forbedring.

2. Integrerte quizzer (Modul 1 - 3)

På slutten av hver modul skal studentene ta en quiz tilgjengelig på Canvas. Disse quizene fungerer både som en gjennomgang og som en vurdering av forståelse. For å sikre at studentene behersker sentrale konsepter, kan quizene tas flere ganger, noe som gir mulighet for å forbedre poengsummen gjennom gjentatt arbeid. En bestått quiz krever en poengsum på minst 80 %. Dette systemet fremmer kontinuerlig læring og gir studentene mulighet til å identifisere og adressere eventuelle kunnskapshull.

3. Avsluttende gruppeprosjekt (Modul 4)

I den siste modulen skal studentene jobbe i grupper for å utvikle en forskningsprosjektforslag, der de anvender teorier og metoder de har lært gjennom kurset. Hver gruppe skal samarbeide om å velge et forskningsspørsmål, enten fra en gitt liste med temaer eller ved å foreslå sitt eget. Det endelige forslaget skal være 2-3 sider langt, med mindre avvik tillatt, men konsis framstilling er anbefalt. En tydelig definert hypotese vil gjøre det lettere å strukturere metoder og analyser. Forslaget må inkludere en klart formulert Materialer og metoder-seksjon, som beskriver hvordan data skal innhentes og analyseres. I tillegg bør studentene diskutere forventede resultater, både potensielle funn som støtter hypotesen og alternative utfall som ikke samsvarer med hypotesen.

4. Gruppearbeid og fraværspolitikk

For alle gruppeoppgaver og det avsluttende prosjektet må studentene dokumentere hvert medlems bidrag for å sikre ansvarlighet. Oppmøte er ikke obligatorisk, men studentene er ansvarlige for å sikre at deres fravær ikke påvirker gruppens fremgang negativt. Gruppemedlemmer forventes å kommunisere effektivt og koordinere sine ansvarsområder på egen hånd.

Ved å melde seg opp til dette emnet bekrefter studentene at de har lest og forstått emnebeskrivelsen. Dersom noen aspekter trenger avklaring, oppfordres studentene til å stille spørsmål ved begynnelsen av semesteret. Kursstrukturen og kravene forblir som angitt og kan ikke endres basert på individuelle preferanser.

Unntak kan vurderes i tilfeller av ekstraordinære og veldokumenterte omstendigheter, for eksempel alvorlig sykdom eller skade som krever sykehusinnleggelse, tap av en nær familiemedlem, juridiske forpliktelser (f.eks. rettsmøter) eller andre kritiske personlige situasjoner som betydelig påvirker studentens evne til å fullføre kurset. I slike tilfeller bør studenten kontakte emneansvarlig så snart som mulig for å diskutere mulige tilrettelegginger.