Detaljer om emnet BIO233

BIO233 Eksperimentell miljømikrobiologi

English course Information

Søk etter andre emner

Viser emnet slik det undervises i studieåret med start i 2015 .

Emneansvarlige: Knut Rudi
Medvirkende: Else Marie Aasen, Åsa Helena Frostegård, Jon Fredrik Hanssen, Lars Reier Bakken, Jane Ludvigsen, Ekaterina Avershina
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Årlig
Undervises på språk: NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
Maksimum 48 studenter.
Undervises i periode:
Emnet starter i vårparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i vårparallellen.
Første gang: Studieår 2013-2014
Emnets innhold:

Emnet er et tilbud for studenter innen fagområdene mikrobiologi, mikrobiell økologi, miljømikrobiologi, næringsmiddelmikrobiologi, human- og veterinærmikrobiologi.

FORELESNINGER: Det vil bli gitt en innføring i prinsipper for å beskrive bakteriell diversitet, med spesiell vekt på moderne, molekylærbiologiske og bioinformatiske analyser. Videre vil viktige grupper av mikroorganismer i ulike miljøer bli beskrevet. Noen viktige mikrobesamfunn, med fokus på samfunn assosiert med mennesker og dyr, vil bli gjennomgått.

LABORATORIEØVELSER: Det tas utgangspunkt i beskrivelse av bakteriediversitet i noen utvalgte modellmiljøer. De dyrkningsuavhengige teknikkene vil fokusere på bruk av andregenerasjons DNA-sekvenseringsteknologi, samt analyseverktøy for å tolke slike data. Ved bruk av dyrkningsbaserte teknikker vil det bli gjort en vurdering av hvilke bakterier som lar seg dyrke, og hvordan dette samsvarer med totalmenge bakterier i prøvene bestemt ut fra dyrkningsuavhengige metoder. I tillegg vil både mikroskopi- og DNA-baserte teknikker benyttes for å undersøke levende, men ikke-dyrkbare bakterier. Egenskaper til dyrkbare bakterier vil bli undersøkt biokjemisk, mens egenskapene til de ikke-dyrkbare bakteriene vil bli bestemt ut fra gensammensetningen.

Læringsutbytte:

Studentene får innsikt i både beskrivelse og betydning av mikroorganismer i sentrale miljøer som drikkevann, tarm og avløpsvann, samt innsikt i økologiske prinsipper og bioteknologisk utnyttelse av komplekse mikroorganismesamfunn. 

Studentene vil lære metoder for å beskrive mikroorganismesammensetningen, mikroorganismenes egenskaper, og metoder for å undersøke noen sentrale mikrobiologiske prosesser. 

Studentene vil få en forståelse av hvordan tradisjonelle, dyrkningsbaserte teknikker kan kombineres med moderne DNA-teknikker for å beskrive et mikrobesamfunn. 

Det vil bli lagt spesiell vekt på at studentene lærer å skrive vitenskapelige rapporter basert på eksperimentelle data.

Læringsaktiviteter:
Forelesninger.
Kollokvier.
Laboratorieøvelser med journalføring.
Læringsstøtte:
Kontakt med lærere via Fronter og e-post. Forelesningsnotater legges ut på Fronter.
Pensum:

Lærebok: Siste utgave av Environmental Microbiology, Elsevier Science & Technology.

Laboratorieøvelsehefter og annet skriftlig materiale som deles ut.

Forutsatte forkunnskaper:
Kunnskap i mikrobiologi tilsvarende BIO130.
Kunnskap i biokjemi teori tilsvarende KJB200.
Kunnskap i biokjemi lab. tilsvarende KJB201 / KJB210.
Kunnskap i molekylærbiologi tilsvarende BIO210.
Anbefalte forkunnskaper:
Organisk kjemi, genetikk, bioinformatikk og statistikk.
Obligatorisk aktivitet:
Laboratorieøvelser med rapport. Oppmøte på forelesninger.
Vurderingsordning:

Ferdigheter i tolkning av eksperimentelle data testes ved innlevering av journal.
Journalen teller 1/3.

Evaluering av studentenes læring vil være basert på deres teoretiske kunnskaper og forståelse, som testes i en avsluttende skriftlig prøve på 3,5 timer. Karaktervekt 2/3.

Sensor:
Ekstern sensor godkjenner eksamensoppgavene og retter 25 tilfeldig utvalgte besvarelser.
Merknader:
Noen forelesninger vil gis på engelsk.
Normert arbeidsmengde:
Forelesninger/kollokvier: 26 timer. Laboratorieøvelser: 50 timer. Forberedelser til øvelser og journalskriving: 54 timer. Selvstudium: 170 timer.
Opptakskrav:
Realfag
Overlapp:
BIO231 (tidligere emne) reduksjon med 3 studiepoeng. BIO232 (tidligere emne) reduksjon med 2 studiepoeng.
Undervisningstid:
Forelesninger/kollokvier: 2 timer per uke i 13 uker. Laboratorieøvelser med journalføring: 2+3 timer per uke i 10 uker.
Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: Langsgående vurdering: A - E / Ikke bestått