Emnet er et tilbud for studenter innen fagområdene mikrobiologi, mikrobiell økologi, miljømikrobiologi, næringsmiddelmikrobiologi, human- og veterinærmikrobiologi.

FORELESNINGER: Det vil bli gitt en innføring i prinsipper for å beskrive bakteriell diversitet, med spesiell vekt på moderne, molekylærbiologiske og bioinformatiske analyser. Videre vil viktige grupper av mikroorganismer i ulike miljøer bli beskrevet. Noen viktige mikrobesamfunn, med fokus på samfunn assosiert med mennesker og dyr, vil bli gjennomgått.

LABORATORIEØVELSER: Det tas utgangspunkt i beskrivelse av bakteriediversitet i noen utvalgte modellmiljøer. De dyrkningsuavhengige teknikkene vil fokusere på bruk av andregenerasjons DNA-sekvenseringsteknologi, samt analyseverktøy for å tolke slike data. Ved bruk av dyrkningsbaserte teknikker vil det bli gjort en vurdering av hvilke bakterier som lar seg dyrke, og hvordan dette samsvarer med totalmenge bakterier i prøvene bestemt ut fra dyrkningsuavhengige metoder. I tillegg vil både mikroskopi- og DNA-baserte teknikker benyttes for å undersøke levende, men ikke-dyrkbare bakterier. Egenskaper til dyrkbare bakterier vil bli undersøkt biokjemisk, mens egenskapene til de ikke-dyrkbare bakteriene vil bli bestemt ut fra gensammensetningen.

Studentene får innsikt i både beskrivelse og betydning av mikroorganismer i sentrale miljøer som drikkevann, tarm og avløpsvann, samt innsikt i økologiske prinsipper og bioteknologisk utnyttelse av komplekse mikroorganismesamfunn. 

Studentene vil lære metoder for å beskrive mikroorganismesammensetningen, mikroorganismenes egenskaper, og metoder for å undersøke noen sentrale mikrobiologiske prosesser. 

Studentene vil få en forståelse av hvordan tradisjonelle, dyrkningsbaserte teknikker kan kombineres med moderne DNA-teknikker for å beskrive et mikrobesamfunn. 

Det vil bli lagt spesiell vekt på at studentene lærer å skrive vitenskapelige rapporter basert på eksperimentelle data.

Lærebok: Siste utgave av Environmental Microbiology, Elsevier Science & Technology.

Laboratorieøvelsehefter og annet skriftlig materiale som deles ut.

Ferdigheter i tolkning av eksperimentelle data testes ved innlevering av journal.
Journalen teller 1/3.

Evaluering av studentenes læring vil være basert på deres teoretiske kunnskaper og forståelse, som testes i en avsluttende skriftlig prøve på 3,5 timer. Karaktervekt 2/3.