Detaljer om emnet BIO233

BIO233 Eksperimentell miljømikrobiologi

Emnet kan ha endringer på grunn av koronautbruddet. Sjekk Canvas og studentWeb.

English course Information

Søk etter andre emner

Viser emnet slik det undervises i studieåret med start i 2014 .

Emneansvarlige: Knut Rudi
Medvirkende: Jane Ludvigsen, Ekaterina Avershina, Jon Fredrik Hanssen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Årlig
Undervises på språk: NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
Minimum 5 studenter, maksimum 48 studenter.
Undervises i periode:
Emnet starter i vårparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i vårparallellen, .
Første gang: Studieår 2013-2014
Emnets innhold:

Emnet er et tilbud for studenter innen fagområdene mikrobiologi, mikrobiell økologi, miljømikrobiologi, næringsmiddelmikrobiologi, human - og veterinærmikrobiologi.

FORELESNINGER: Det vil bli gitt en innføring i prinsipper for å beskrive bakteriell diversitet, med spesiell vekt på moderne, molekylærbiologiske og bioinformatiske analyser. Videre vil viktige grupper av mikroorganismer i ulike miljøer bli beskrevet. Noen viktige mikrobesamfunn, med fokus på samfunn assosiert med mennesker og dyr, vil bli gjennomgått.

LABORATORIEØVELSER: I emnet vil det bli tatt utgangspunkt i beskrivelse av bakteriediversitet i noen utvalgte modellmiljøer. De dyrkningsuavhengige teknikkene vil fokusere på bruk av andregenerasjons DNA-sekvenseringsteknologi, samt analyseverktøy for å tolke slike data. Ved bruk av dyrkningsbaserte teknikker vil det bli gjort en vurdering av hvilke bakterier som lar seg dyrke, og hvordan dette samsvarer med totalmenge bakterier i prøvene bestemt ut fra dyrkningsuavhengige metoder. I tillegg vil både mikroskopi- og DNA-baserte teknikker benyttes for å undersøke levende, men ikke-dyrkbare bakterier. Egenskaper til dyrkbare bakterier vil bli undersøkt biokjemisk, mens egenskapene til de ikke-dyrkbare bakteriene vil bli bestemt ut fra gensammensetningen.

Læringsutbytte:
Emnet vil gi studentene innsikt i både beskrivelse og betydning av mikroorganismer i sentrale miljøer som drikkevann, tarm og avløpsvann, samt innsikt i økologiske prinsipper og bioteknologisk utnyttelse av komplekse mikroorganismesamfunn.
Studentene vil lære metoder for å beskrive mikroorganismesammensetningen, mikroorganismenes egenskaper, og metoder for å undersøke noen sentrale mikrobiologiske prosesser.
Studentene vil få en forståelse av hvordan tradisjonelle, dyrkningsbaserte teknikker kan kombineres med moderne DNA-teknikker for å beskrive et mikrobesamfunn.
Det vil bli lagt spesiell vekt på at studentene lærer å skrive vitenskapelige rapporter basert på eksperimentelle data.
Læringsaktiviteter:
Forelesninger.
Kollokvier.
Laboratorieøvelser med journalføring.
Læringsstøtte:
Kontakt med lærere via Fronter og e-post. Forelesningsnotater legges ut på Fronter.
Pensum:

Lærebok: Siste utgave av Environmental Microbiology, Elsevier Science & Technology.

Laboratorieøvelsehefter og annet skriftlig materiale som deles ut.

Forutsatte forkunnskaper:
Kunnskap i mikrobiologi tilsvarende BIO130.
Kunnskap i biokjemi teori tilsvarende KJB200.
Kunnskap i biokjemi lab. tilsvarende KJB201 / KJB210.
Kunnskap i molekylærbiologi tilsvarende BIO210.
Anbefalte forkunnskaper:
Organisk kjemi, genetikk, bioinformatikk og statistikk.
Obligatorisk aktivitet:
Laboratorieøvelser med rapport. Oppmøte på forelesninger.
Vurderingsordning:

Ferdigheter i tolkning av eksperimentelle data testes ved innlevering av journal.
Journalen teller 1/3.

Evaluering av studentenes læring vil være basert på deres teoretiske kunnskaper og forståelse, som testes i en avsluttende skriftlig prøve på 3,5 timer. Karaktervekt 2/3.

Sensor:
Ekstern sensor godkjenner eksamensoppgavene og retter 25 tilfeldig utvalgte besvarelser.
Merknader:
Noen forelesninger vil gis på engelsk.
Normert arbeidsmengde:
Forelesninger/kollokvier: 26 timer. Laboratorieøvelser: 50 timer. Forberedelser til øvelser og journalskriving: 54 timer. Selvstudium: 170 timer.
Opptakskrav:
Realfag
Overlapp:
BIO231 (tidligere emne) reduksjon med 3 studiepoeng. BIO232 (tidligere emne) reduksjon med 2 studiepoeng.
Undervisningstid:
Forelesninger/kollokvier: 2 timer per uke i 13 uker. Laboratorieøvelser med journalføring: 2+3 timer per uke i 10 uker.
Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: Langsgående vurdering: A - E / Ikke bestått