Emnet er et tilbud for studenter innen fagområdene mikrobiologi, mikrobiell økologi, miljømikrobiologi, næringsmiddelmikrobiologi, human- og veterinærmikrobiologi. Kurset vil i hovedsak dekke FN sitt bærekraftsmål Rent vann og gode sanitærforhold (nummer 6).

FORELESNINGER: Det vil bli gitt en innføring i prinsipper for å beskrive bakteriell diversitet, med spesiell vekt på moderne, molekylærbiologiske og bioinformatiske analyser. Videre vil viktige grupper av mikroorganismer i ulike miljøer bli beskrevet. Noen viktige mikrobesamfunn, med fokus på samfunn assosiert med mennesker og dyr, vil bli gjennomgått. Dette vil gjelde drikkevann, tarmbakterier som reservoar for antibiotikaresistens og kloakkrensing.

LABORATORIEØVELSER: Det tas utgangspunkt i beskrivelse av bakteriediversitet i noen utvalgte modellmiljøer. De dyrkningsuavhengige teknikkene vil fokusere på bruk av andregenerasjons DNA-sekvenseringsteknologi, samt analyseverktøy for å tolke slike data. Ved bruk av dyrkningsbaserte teknikker vil det bli gjort en vurdering av hvilke bakterier som lar seg dyrke, og hvordan dette samsvarer med totalmengde bakterier i prøvene bestemt ut fra dyrkningsuavhengige metoder. I tillegg vil både mikroskopi- og DNA-baserte teknikker benyttes for å undersøke levende, men ikke-dyrkbare bakterier. Egenskaper til dyrkbare bakterier vil bli undersøkt biokjemisk, mens egenskapene til de ikke-dyrkbare bakteriene vil bli bestemt ut fra gensammensetningen. Vi vil også bruke dyrkningsbaserte metoder for å undersøke tilstedeværelse av antibiotikaresistens.

KUNNSKAPER:

Studentene får innsikt i både beskrivelse og betydning av mikroorganismer i sentrale miljøer som drikkevann, biofilm og avløpsvann, samt innsikt i økologiske prinsipper og bruk av komplekse mikroorganismesamfunn i miljøovervåkning. 

FERDIGHETER:

Studentene vil lære metoder for å beskrive mikroorganismesammensetningen, mikroorganismenes egenskaper, og metoder for å undersøke noen sentrale mikrobiologiske prosesser. 

Studenten kan selv gjennomføre de forberedelser, teknikker og analyser som inngår i emnet. Studenten behersker instrumentene og utstyret som benyttes i emnet.  

GENERELL KOMPETANSE:

Studentene vil få en forståelse av hvordan tradisjonelle, dyrkningsbaserte teknikker kan kombineres med moderne DNA-teknikker for å beskrive et mikrobesamfunn. 

Det vil bli lagt spesiell vekt på at studentene lærer å skrive vitenskapelige rapporter basert på eksperimentelle data, samt  kritisk refleksjon rundt gjeldende teorier.

Lærebok: Siste utgave av Environmental Microbiology, Elsevier Science & Technology.

Laboratorieøvelsehefter og annet skriftlig materiale som deles ut.

• Kunnskap i mikrobiologi tilsvarende BIO130.
• Kunnskap i biokjemi teori tilsvarende KJB200.
• Kunnskap i biokjemi lab. tilsvarende KJB201.
• Kunnskap i molekylærbiologi tilsvarende BIO210.

Ferdigheter i tolkning av eksperimentelle data testes ved innlevering av journal. Journalen teller 1/3 (A-F)

Evaluering av studentenes læring vil være basert på deres teoretiske kunnskaper og forståelse, som testes i en avsluttende skriftlig prøve på 3,5 timer. Karaktervekt 2/3 (A-F)

Ekstern sensor godkjenner eksamensoppgavene og retter minimum 25 utvalgte besvarelser.

Intern sensur av laboratorierapportene.

250 timer