BIN420 Bioinformatikk for funksjonell meta-omikk

Studiepoeng:5

Ansvarlig fakultet:Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap

Emneansvarlig:Phillip Byron Pope

Campus / nettbasert:Undervises campus Ås

Undervisningens språk:Engelsk

Antall plasser:15

Frekvens:Undervises annethvert år, neste gang Høst 2023

Forventet arbeidsmengde:

Forelesninger 10 timer

Computer øvinger 25 timer

Selvstudium 90 timer

Undervisnings- og vurderingsperiode:Høst-semesteret

Om dette emnet

EMNET VIL IKKE GIS I 2023

Mikrobielle samfunn har stor innvirkning i naturen og i industrielle prosesser. De utgjør det største nivået av biologisk mangfold, noe som er nødvendig for deres funksjon og rolle. Vår forståelse av denne biologien er ny, og betinget av moderne sekvensering og tilhørende bioinformatiske metoder. Dette emnet introduserer, utforsker og vurderer ulike teknologier og bioinformatiske verktøy for slike studier. Vi vil fokusere på metoder for å studere strukturen (metagenomikk, genom-rekonstruksjon) og funksjonen (metatranskriptomikk, metaproteomikk) i slike samfunn.

Dette lærer du

  • Evne til å designe eksperimenter og velge passende metoder og programvare
  • Forklare populasjons-strukturen i et mikrobielt samfunn
  • Utføre og vurdere assembly og taksonomisk gruppering og tolke resultatene
  • Kombinere data fra ulike omikk-teknologier med tanke på funksjon hos det mikrobielle samfunnet
  • Forklare og forstå hva som er begrensingene i metodene
  • Intensivkurs en uke samt en prosjekt-rapport som gjøres i etterkant. Hver ukedag i kursperioden består av:

    • to en-timers forelesninger
    • en fem-timers computer-lab under veiledning
  • Canvas
  • Vil spesifiseres ved emnets start
  • Master i bioinformatikk, eller beslektet tema. Må kunne UNIX på bruker-nivå og kjennskap til programmering (Python og/eller R) kreves. Grunnleggende kjennskap til mikrobiologi er også nødvendig.
  • Et prosjekt der hver student leverer en skriftlig oppgave (teller 100%).
  • Rapportene vil evalueres av en ekstern sensor
  • 2 forelesninger per dag (1 time hver)

    1 computer øving per dag (5 timer)

  • Bestått/ Ikke bestått
  • Studenter må melde seg på emnet både via StudentWeb og samtidig fylle ut påmeldingsskjema hos NORBIS forskerskole : https://forms.gle/EKBFmAxUrf6KUNG58