Course code BIN420

BIN420 Bioinformatikk for funksjonell metagenomikk

English course information

Søk etter andre emner

Velg annet år

Viser emneinfo for studieåret 2017 - 2018.

Emneansvarlige: Phillip Byron Pope
Medvirkende: Torgeir Rhodén Hvidsten, Lars Gustav Snipen
Studiepoeng: 5
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Foreløpig kun i 2017
Undervises på språk: EN
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
10
Undervises i periode:
Høst-semesteret
Første gang: Studieår 2017-2018
Siste gang: 2018V
Undervises hvor?: Campus Ås
Emnets innhold:
Mikrobielle samfunn har stor innvirkning i naturen og i industrielle prosesser. De utgjør det største nivået av biologisk mangfold, noe som er nødvendig for deres funksjon og rolle. Vår forståelse av denne biologien er ny, og betinget av moderne sekvensering og tilhørende bioinformatiske metoder. Dette emnet introduserer, utforsker og vurderer ulike teknologier og bioinformatiske verktøy for slike studier. Vi vil fokusere på metoder for å studere strukturen (metagenomikk, genom-rekonstruksjon) og funksjonen (metatranskriptomikk, metaproteomikk) i slike samfunn.
Læringsutbytte:
  • Evne til å designe eksperimenter og velge passende metoder og programvare
  • Forklare populasjons-strukturen i et mikrobielt samfunn
  • Utføre og vurdere assembly og taksonomisk gruppering og tolke resultatene
  • Kombinere data fra ulike omikk-teknologier med tanke på funksjon hos det mikrobielle samfunnet
  • Forklare og forstå hva som er begrensingene i metodene
Læringsaktiviteter:

Intensiv en uke kurs samt en prosjekt-rapport som gjøres i etterkant. Hver ukedag i kurs-perioden består av

  • To en-timers forelesninger
  • En fem-timers computer-lab under veiledning
Læringsstøtte:
Canvas
Pensum:
Vil spesifiseres ved emnets start
Forutsatte forkunnskaper:
Master i bioinformatikk, eller beslektet tema. Må kunne UNIX på bruker-nivå
Anbefalte forkunnskaper:
Kjennskap til programmering (Python og/eller R) kreves. Grunnleggende kjennskap til mikrobiologi er også nødvendig.
Obligatorisk aktivitet:
Skriftlig prosjekt-rapport
Vurderingsordning:
Et prosjekt der hver student leverer en skriftlig rapport (teller 100%).
Sensor:
Rapportene vil evalueres av en ekstern sensor
Normert arbeidsmengde:

Forelesninger 10 timer

Computer øvinger 25 timer

Selvstudium 115 timer

Undervisningstid:

2 forelesninger per dag (1 time hver)

1 computer øving per dag (5 timer)

Eksamensdetaljer: :