Emner

BIN420 Bioinformatikk for funksjonell meta-omikk

Studiepoeng:5

Ansvarlig fakultet:Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap

Emneansvarlig:Torgeir Rhoden Hvidsten

Campus / nettbasert:Undervises campus Ås

Undervisningens språk:Engelsk

Antall plasser:15

Frekvens:

Undervises ikke i 2025.

Emnet undervises når det finnes interesse og ressurser. Kontakt emneansvarlig. Undervises ikke i 2025.

Forventet arbeidsmengde:

Forelesninger 10 timer

Computer øvinger 25 timer

Selvstudium 90 timer

Undervisnings- og vurderingsperiode:Høstparallell

Om dette emnet

Mikrobielle samfunn har stor innvirkning både på naturen og i industrielle prosesser. De utgjør det største nivået av biologisk mangfold, noe som er nødvendig for deres funksjon og rolle. Vår forståelse av denne biologien er begrenset, fordi brorparten av mikrobene ikke kan dyrkes. Vi er derfor avhengig av moderne sekvensering og tilhørende bioinformatiske metoder for å kunne studere disse samfunnene. Dette emnet introduserer, utforsker og vurderer ulike teknologier og bioinformatiske verktøy for slike studier. Vi vil fokusere på metoder for å studere strukturen (metagenomikk, genom-rekonstruksjon) og funksjonen (metatranskriptomikk, metaproteomikk) i slike samfunn.

Dette lærer du

KUNNSKAP

  • Evne til å designe eksperimenter og velge passende metoder og programvare
  • Forklare populasjonsstrukturen i et mikrobielt samfunn

FERDIGHETER

  • Utføre og vurdere assembly og taksonomisk gruppering og tolke resultatene
  • Kombinere data fra ulike omikk-teknologier med tanke på funksjon hos det mikrobielle samfunnet

GENERELL KOMPETANSE

  • Forklare og forstå hva som er begrensingene i metodene
  • Læringsaktiviteter

    Intensivt emne over en uke, samt en prosjektrapport som skrives i etterkant. Hver undervisningsdag består av:

    • to en-timers forelesninger
    • en fem-timers computer-lab under veiledning
  • Læringsstøtte
    Canvas
  • Pensum
    Vil spesifiseres ved emnets start
  • Forutsatte forkunnskaper

    Master i bioinformatikk, eller beslektet tema.

    Må kunne UNIX på brukernivå og ha kjennskap til programmering (Python og/eller R).

    Grunnleggende kjennskap til mikrobiologi er også nødvendig.

  • Vurderingsordning, hjelpemiddel og eksamen
    Et prosjekt der hver student leverer en skriftlig oppgave (teller 100 %).

  • Sensorordning

    Rapportene vil evalueres av en intern sensor.

    Ekstern sensor godkjenner opplegg for vurdering.

  • Undervisningstider

    En uke undervisning:

    • 2 forelesninger per dag (1 time hver)
    • 1 dataøving per dag (5 timer)
  • Opptakskrav
    Realfag