Course code BIN315

BIN315 Utvalgte emner i funksjonell genomikk

Emnet kan ha endringer på grunn av koronarestriksjoner. Se Canvas og StudentWeb for info.

English course information

Søk etter andre emner

Viser emneinfo for studieåret 2017 - 2018.

Emneansvarlige: Torgeir Rhodén Hvidsten
Medvirkende: Lars Gustav Snipen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Partalls-år
Undervises på språk: EN, NO
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
50
Undervises i periode:
Høst-parallell
Første gang: Studieår 2014-2015
Fortrinnsrett: <p>M-BIAS</p><p>M-KB</p>
Emnets innhold:

Emnet dekker bioinformatiske analyser av "omics" data: transkriptomikk, proteomikk og metabolomikk. Det kompletterer emnet BIN310, som dekker bioinformatiske analyser av biologiske sekvenser.

Emnet har ukentlige forelesninger og veiledede øvinger på datalab. Forelesningene vil i hovedsak introdusere studenter for teorien bak metodene, mens øvingene vil vise studentene praktiske anvendelser.

Læringsutbytte:

Ved emnets slutt skal studentene ha en generell forståelse for ulike "omics"-teknologier (transkriptomikk, proteomikk, metabolomikk) og være i stand til å bruke ulike metoder for preprosessering av slike data. Studentene skal ha fått en forståelse for teorien bak de mest vanlige bioinformatiske metodene for analyser av "omics"-data, være i stand til å analysere slike data med disse metodene og kunne forstå og tolke resultatene fra slike analyser.

Metodene innkluderer bestemmelse av differensielt uttrykte gener og genmengder, maskinlæring, clustering og nettverksanalyser, samt metoder for å integrerere "omics"-data med annen biologisk informasjon, for eksempel ontologier. Gitt et datasett og et biologisk spørsmål skal studentene være i stand til å vurdere hvilke metoder og verktøy som bør benyttes for å besvare spørsmålet.

Læringsaktiviteter:
En dobbelttime forelesning per uke. To dobbelttimer øving per uke. Et prosjekt blir gitt underveis, med skriftlig og/eller muntlig rapportering.
Læringsstøtte:
Aktiv bruk av Canvas.
Pensum:
Vil bli spesifisert ved emnets oppstart.
Forutsatte forkunnskaper:
Introduksjon til bioinformatikk tilsvarende BIN210.
Statistikk tilsvarende STAT100.
Anbefalte forkunnskaper:
Programmering samt statistikk utover introduksjons-nivå.
Obligatorisk aktivitet:
Et prosjekt der studentene skal presentere resultatene i en skriftlig rapport og/eller en muntlig framføring.
Vurderingsordning:
Skriftlig, 3.5 timer.
Sensor:
Eksamen vil godkjennes av ekstern sensor. 25 besvarelser vil bli evaluert av ekstern sensor.
Normert arbeidsmengde:

Forelesninger: 20 hours

Øvinger: 56 hours

Selvstudium: 224 hours

Undervisningstid:

1 dobbelt-time forelesninger per uke.

2 dobbelt-timer øvinger per uke.

Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): A1 Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: En skriftlig eksamen: A - E / Ikke bestått