Detaljer om emnet BIN315

BIN315 Utvalgte emner i funksjonell genomikk

English course Information

Søk etter andre emner

Viser emnet slik det undervises i studieåret med start i 2015 .

Emneansvarlige: Torgeir Rhodén Hvidsten
Medvirkende: Lars Gustav Snipen
Studiepoeng: 10
Ansvarlig fakultet: Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Frekvens: Partalls-år
Undervises på språk: EN
(NO=norsk, EN=Engelsk)
Begrensning antall plasser:
Maksimum 50
Undervises i periode:
Høst-parallell
Første gang: Studieår 2014-2015
Fortrinnsrett: <p>M-BIAS</p><p>M-KB</p>
Emnets innhold:

Emnet dekker bioinformatiske analyser av "omics" data: transkriptomikk, proteomikk og metabolomikk. Det kompletterer BIN310, som dekker bioinformatiske analyser av biologiske sekvenser.

Emnet har ukentlige forelesninger og veiledede øvinger på computer lab. Forelesningene vil i hovedsak introdusere studenter for teorien bak metodene, mens øvingene vil vise studentene praktiske anvendelser.

Læringsutbytte:

Ved emnets slutt skal studentene ha en generell forståelse for ulike "omics"-teknologier (transkriptomikk, proteomikk, metabolomikk) og være i stand til å bruke ulike metoder for preprosessering av slike data. Studentene skal ha fått en forståelse for teorien bak de mest vanlige bioinformatiske metodene for analyser av "omics"-data, være i stand til å analysere slike data med disse metodene og kunne forstå og tolke resultatene fra slike analyser.

Metodene innkluderer bestemmelse av differensielt uttrykte gener og gen-mengder, maskin-læring, clustering og nettverk-analyser, samt metoder for å integrerere "omics"-data med annen biologisk informasjon, for eksempel ontologier. Gitt et datasett og et biologisk spørsmål skal studentene være i stand til å vurdere hvilke metoder og verktøy som bør benyttes for å svare på spørsmålet.

Læringsaktiviteter:
En dobbelt-time forelesninger per uke. To dobbelt-timer øving per uke. Et prosjekt blir gitt underveis, med skriftlig og/eller muntlig rapportering.
Læringsstøtte:
Aktiv bruk av Fronter.
Pensum:
Vil bli spesifisert ved emnets oppstart.
Forutsatte forkunnskaper:
Introduksjon til bioinformatikk tilsvarende BIN210. Programmering tilsvarende INF120. Statistikk tilsvarende STAT100.
Anbefalte forkunnskaper:
Obligatorisk aktivitet:
Et prosjekt der studentene skal presentere resultatene i en skriftlig rapport og/eller en muntlig framføring.
Vurderingsordning:
Skriftlig, 3.5 timer.
Sensor:
Eksamen vil godkjennes av ekstern sensor. 25 tilfeldige besvarelser vil bli evaluert av ekstern sensor.
Normert arbeidsmengde:

Forelesninger: 20 hours

Øvinger: 56 hours

Selvstudium: 224 hours

Undervisningstid:

1 dobbelt-time forelesninger per uke.

2 dobbelt-timer øvinger per uke.

Hjelpemidler ved skriftlig eksamen(er): Ingen kalkulator. Ingen andre hjelpem.
Eksamensdetaljer: En skriftlig eksamen: A - E / Ikke bestått