BIN301 Genom- og stamtavle-basert prediksjon av genetisk verdi

Studiepoeng:10

Ansvarlig fakultet:Fakultet for biovitenskap

Emneansvarlig:Gunnar Klemetsdal

Campus / nettbasert:Undervises campus Ås

Undervisningens språk:Engelsk

Antall plasser:50

Frekvens:Årlig

Forventet arbeidsmengde:250 timar inkludert sjølvstudium, øvingsoppgaver og deltagelse og presentasjon i kollokvier / forelesinger.

Undervisnings- og vurderingsperiode:Emnet starter i høstparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i høstparallellen.

Om dette emnet

Bruk av genominformasjon og stamtavledata til prediksjon av genetisk verdi ved bruk av blanda- (faste og tilfeldige forklaringsvariable) modell-teori, primært via en dyremodell, også med flere random effekter, samt i multivariate modeller. Motivering av modeller for levetid, modeller som brukes for kategoriske egenskaper (feks. sykdom eller lammetall), langsgående modeller, samt modellering av genotype*miljø-samspill. Prediksjonsfeil vil beregnes.

Introduksjon til estimering av varianskomponentar for tilfeldige variabler.

Eksempel fra planteforedling og husdyravl.

Dette lærer du

Studentene får en innføring til modeller brukt til prediksjon av genetisk verdi i husdyr- og plante-populasjoner, og bruken av dem i avls- og foredlings-program.

Etter å ha tatt emnet skal studentene kunne predikere genetiske verdier, og dermed òg fenotyper, basert på genom- og stamtavle-informasjon (SNP- og G-BLUP, og stamtavle-basert BLUP), med fokus på såkalte dyremodeller. Modelleringsbias blir dekket, og prediksjonsfeil blir beregnet. Studentene vil lære å sette opp mixed models i dyremodeller med flere random effekter (som i tillegg til dyr og feil kan inneholde permanent miljøeffekt av dyret, kulleffekt, og/eller ikke additive (gen) effekter), i multivariate modeller, samt introduseres til modellering av levetid, modeller som brukes for kategoriske egenskaper (feks. sykdom eller lammetall), langsgående modeller, samt modellering av genotype*miljø-samspill.

De ukentlige øvingene programmeres vha. R, men studentene vil lære å bruke kommersiell software (ASReml), til å beregne avlsverdier, samt for estimering av varianskomponenter, i enkle modeller.

  • Forelesinger og datalab-øvelser hver uke (2 t hver). Problem-basert læring kombinert med dataprogrambruk. Presentasjon av predikerte genetiske verdier fra et eget valgt datasett i en skriftlig rapport, som fungerer som den eneste, endelige evalueringen i emnet.
  • Lærerveiledning i samband med øvinger og forelesinger, og mer personlig oppfølging, etter behov.
  • Forelesingsnotat og utvalgte artikler. Øvinger, notat, dataprogram, og annet materiale vil bli gjort tilgjengelig på hjemmesiden til emnet.
  • STAT200 Regresjon, eller lignende kurs i statistiske lineærmodeller.

    Generell avl (HFA200 og BIO248) og tilsvarende.

  • Innlevert individuell semesteroppgave, med felles A-F vurdering av sensor og lærer.
  • Ekstern sensor evaluerer semesteroppgaven.
  • Presentasjon av egen semesteroppgave for øvrige studenter, og deltagelse på slike presentasjoner.
  • Kurset ble revidert i 2019, med ved å ta inn genomisk slektskap samt planteavl. I 2022 vil en søke å introdusere varianskomponentestimering, i enkle modeller.
  • Kollokvium / forelesing: 2 timer per uke. Datalab / øvinger: 2 timer per uke.
  • HFA301

    5 stp reduksjon om en har HFA301 fra før.

  • Bokstavkarakterer