Programvareutvikling

  • baseline-pakken i R

    Denne pakken er en samling baseline-korreksjonsalgoritmer, sammen med et rammeverk og et GUI for optimalisering av baseline-algoritmeparametere. Denne pakken brukes for eksempel for å fjerne bakgrunnseffekter fra spektre som stammer fra forskjellige typer spektroskopi og spektrometri.

  • CNOGpro-pakken i R 

    CNOGpro-pakken omfatter metoder for å tildele kopinummertilstander og bruddpunkter for å utligne eksperimenter med prokaryote organismer.

  • Familias

    Familias er en gratis programvare for sannsynlighetsberegninger når man utleder farskap og identifikasjon basert på DNA-data, og gjør det mulig å håndtere flere alternative stamtavler.

  • FamLink

    FamLink er en gratis programvare som gir funksjoner for sannsynlighetsberegning for familieforhold / stamtavler ved bruk av parvis koblede DNA-markørdata.

  • FamLinkX

    FamLinkX er en gratis programvare som gir funksjoner for sannsynlighetsberegning for familieforhold/ stamtavler ved hjelp av X-kromosomale genetiske markørdata.

  • microclass-pakken i R

    Microclass-pakken har funksjoner for å tilordne 16S-sekvensdata til et taksonomisk nivå i livets tre for prokaryoter. 

  • microcontax-pakken i R

    Microcontax-pakken er en konsensus-taksonomi for prokaryoter som benytter et sett datasett for best mulig taksonomisk klassifisering basert på 16S rRNA-sekvensdata.

  • micropan-pakken i R

    Micropan-pakken er en samling av funksjoner for beregninger og visualiseringer av mikrobielle panegenomener.

  • microRMS

    MicroRMS-pakken inneholder verktøy for å håndtere og analysere kvantitative data om mikrobiota generert gjennom Reduced Metagenome Sequencing (RMS).

  • microseq-pakken i R

    Microseq-pakken gir grunnleggende funksjoner for mikrobiell sekvensdataanalyse.

  • NMBU/UMB R depot

    På BIAS er vi sterkt engasjert i å undervise i kurs i statistikk og bioinformatikk til studenter (for en liste over emner se vår masterprogramside). NMBU / UMB-depotet inneholder R-pakker og dokumentasjon for studenter som tar kurs ved NMBU som bruker R eller R Commander.

  • PlantGenIE

    Plant Genome Integrative Explorer (PlantGenIE) er en samling av interoperable nettressurser for å søke, visualisere og analysere genomics og transkriptomiske data for forskjellige plantearter.

  • pls-pakken i R 

    Pls-pakken omfatter forskjellige multivariate regresjonsmetoder som for eksempel Partial Least Squares Regression (PLSR), Principal Component Regression (PCR) og Canonical Powered Partial Least Squares (CPPLS).

  • SalMotifDB

    SalMotifDB er en cis-regulerende motivdatabase for laksefiskarter.

  • simrel-pakken i R 

    Simrel-pakken lar brukere simulere lineære modelldata med flere svar. Det kan brukes som et verktøy for modell sammenligning og undervisningsformål.
Published 27. januar 2020 - 13:01 - Updated 1. February 2020 - 13:15