Forbedret klassifisering av mikroorganismer

Tidseffektive og nøyaktige computerbaserte klassifiseringsmetoder er uunnværlige i mikrobiologisk forskning på grunn av den store mengden sekvensdata som ny teknologi har generert.  

Forbedret klassifisering av mikroorganismer

Hilde Vinje disputerer 9. desember 2016 for graden ph.d. ved NMBU – Norges miljø- og biovitenskapelige universitet med avhandlingen «Prokaryote classification – method development and novel insight in 16S ribosomal RNA-based classification».

DNA-sekvensering er et høyt prioritert område innen all biologisk forskning fordi det gir oss den mest grunnleggende informasjonen av alle, nemlig den om organismenes DNA. DNA-sekvensering gjør det mulig å identifisere og kartlegge de mikrobielle samfunnene vi har på oss, inni oss, og rundt oss i alle miljøer på jorda, og dette har blitt en hovedsatsing innen moderne mikrobiologi. I løpet av de siste ti-årene har ny sekvenseringsteknologi revolusjonert dette feltet.

Den store mengden sekvensdata har skapt økt behov for tidseffektive computermetoder for å hente ut informasjon fra sekvensdata. Målet med Hilde Vinjes doktorgradsprosjekt har vært å forbedre klassifiseringen av mikroorganismer, både ved å presentere ny innsikt i data som eksisterer i dag og ved å prøve ut og presentere ulike klassifiseringsmetoder.

Sammenligning av statistiske klassifiseringsmetoder
Hilde Vinje presenterer i arbeidet sitt ny innsikt i hvordan informasjon i 16S markøren kan utnyttes, samt en systematisk sammenligning av ulike statistiske klassifiseringsmetoder for å bedre vår evne til å gjenkjenne bakterier ut fra slike DNA-sekvenser. Metodene er ulike både med hensyn til databruk og modelleringsstrategi. Hun er også med på å utforme et nytt og stabilt datasett for kalibrering av slike metoder.

Resultatene fra dette arbeidet har ført til utvikling av et nytt og forbedret klassifiserings-verktøy som kalles taxMachine. Dette inngår nå som en del av en verktøypakke (microclass) som er åpent tilgjengelig for alle gjennom beregningsplattformen R (https://www.r-project.org/).

Annonsering av disputasen 

 

Published 29. november 2016 - 14:50 - Updated 23. mai 2017 - 19:10