Beregningsproblemer i familiegenetikk

Nye teknikker innenfor genetikken har medført en eksplosiv økning i datamengden fra en enkelt analyse. Dataene kan blant annet benyttes til bestemmelse av biologisk slektskap ved store katastrofer, noe som krever gode beregningsprogrammer.

Beregningsproblemer i familiegenetikk

Daniel Kling disputerer 24. april 2015 for graden ph.d ved NMBU – Norges miljø- og biovitenskapelige universitet med avhandlingen «Computational challenges in family Genetics».

I de fleste kulturer har det i uminnelige tider vært viktig å bestemme farskap og også fjernere slektskap. I doktorgradsarbeidet sitt har Daniel Kling studert statistiske beregningsproblemer ved bestemmelse av biologisk slektskap. Avhandlingens fokus er på human genetikk, men metodene kan også anvendes innenfor dyre- og plantegenetikk.

Innenfor det genetiske feltet har bruk av nye teknikker ført til en voldsom økning i datamengde fra en enkelt analyse, og disse dataene kan brukes til å løse vanskelige genetiske problemstillinger. Men til det formålet kreves det nye metoder og programmer som kan beregne biologisk slektskap. Klings arbeid presenterer tilnærminger til løsninger på slike vanskelige utfordringer

Et eksempel på bestemmelse av biologisk slektskap hvor beregningsprogrammer er nødvendig, er identifisering av omkomne ved massekatastrofer. Denne identifiseringen er basert på DNA fra ofrene og DNA fra levende slektninger. Dersom det er mange omkomne og DNA-profilene fra åstedet er av dårlig kvalitet, kompliseres beregningene. Det gratis tilgjengelige programmet Familias (www.familias.no), som er videreutviklet av Kling, løser dette og lignende problemer.

Programmer og metoder som Kling har utviklet i doktorgradsarbeidet, vil bidra til å løse flere andre beregningsproblemer hvor det før ikke eksisterte gode løsninger. For bestemmelse av fjerne slektskap, men også i andre tilfeller hvor dataene har en kompleks struktur, er disse verktøyene helt avgjørende.

 

Published 14. April 2015 - 10:37 - Updated 23. mai 2017 - 19:22