BIN303 Estimering av varianskomponenter - dyr og planter

Studiepoeng:5

Ansvarlig fakultet:Fakultet for biovitenskap

Emneansvarlig:Gunnar Klemetsdal

Campus / nettbasert:Undervises campus Ås

Undervisningens språk:Engelsk

Frekvens:BIN303 vil primært gis hvert annet år.

Forventet arbeidsmengde:125 timer, inkludert deltakelse i kollokvier og øvingsgrupper med 25 timer.

Undervisnings- og vurderingsperiode:Denne versjonen gis første gang i 2024, i vårparalellen.

Om dette emnet

Varianskomponentar trengst for å predikera avlsverdiar. Emnet vil gi grunnlaget for å forstå likelihood, log likelihood, første og andre deriverte av log-likelihood for bestemmelse av maksimum likelihood (ML) estimater av effekter, samt deres presisjon gjennom Fishers informasjonsmatrise. Videre vil første og andre deriverte kombineres gjennom Newton-Raphsons metode for iterativ bestemmelse av varianskomponenter. En vil starte med en enkel modell, men ende opp med tilsvarende i en såkalt blandet modeller (inneholdende både faste og tilfeldige effekter). Restricted maximum likelihood (REML) estimater av varianskomponenter vil introduseres via en transformasjon av modellen, og estimater vil finnes med "average information", altså med metodikken som er innebygd i state-of the-art R-programpakker basert på REML. En slik pakke vil brukes i siste del av emnet for estimering av varianskomponenter; med flere tilfeldige effekter, multivariate modeller og modeller brukt for analyse av langsgående data, mens R og matrisealgebra vil brukes i første halvdel av øvelsene i emnet.

Dette lærer du

Kunnskap

I emnet vil du få kunnskap om teori for å bestemme varianskomponenter basert på blanda lineære modeller og REML.

Ferdigheter

Du vil bli i stand til å regna ut REML-varianskomponenter ved hjelp av R, ved bruk av matriseralgebra og ved bruk av en ferdigskrudd R-pakke.

Generell kompetanse

Generelt vil emnet gi deg kompetanse i datahåndtering, programmering, lineær algebra, og estimeringsteori; og noe forståelse av avls- og foredlingsprogram.

  • Annen hver uke forelesning med øvelser som programmeres i R, som gjennomgås i detalj påfølgende uke. Selvstudium av litteratur. Estimering av varianskomponenter på egne, realistisk store, datasett. Presentasjon for medstudenter og lærer.
  • Lærer gjennomgår alle øvelser og deltar på alle kollokvium. Veiledning/hjelp vil bli gitt på semesteroppgaven og andre oppgaver.
  • Kurset dekker kapittel 27 i Lynch and Walsh (1998), kapittel 15 i Mrode (2014), relevant dokumentasjon av R-pakke, samt forelesningsnotater og R-script.
  • Fortrinnsvis BIN301, men i det minste god kunnskap i matrisealgebra og lineære modeller.
  • Evaluering vil bli av semesteroppgaven, som viser resultat av beregning av varianskomponenter i reelle data med relevant R-pakke.
  • Evaluering av lærer og ekstern sensor.
  • Delta i kollokvier.

    Presentere estimeringen av varianskomponenter i egne datasett, av størrelse relevant for avls- og foredlings-organisasjoner.

    Kommentere/opponere til andres presentasjoner.

  • Omtrent 12,5 timar kollokvium/forelesing og 12,5 timar øvinger.
  • Bestått/ Ikke bestått
  • Realfag